题图来源: https://pexels.com
只要开始学习，就会出现疑问。即便一个作者认为自己讲的多么具体，但是由于“知识的诅咒”存在，必然有一些点是他认为理所当然，但是读者/听众却从未听过的现象。譬如，之前在生信媛举办的一期互课活动中（互课：你的知识就是你的入场券），当时的主题是ATAC-seq数据分析，一些做遗传学的小伙伴就不知道什么叫做染色体开放区。
当我们遇到问题的时候，我们就会寻求解答。如果是学生时代，我们一般会选择向老师发问。如果有一个学霸是你隔壁，那你就会找他提问。现在搜索引擎极度发达，我们会选择上网检索，比如去知乎上提问，“有一个漂亮的女朋友是什么样的体验？”，“长得帅是一种什么样的体验？”。
这貌似提问是一件非常简单的小事，好像谁都会，但是其实结果千差万别。我经常在各种群里面见到的一种提问形式是，有人做XX吗？有一个问题想问下？
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看到这种问题，我内心的想法其实是“没有，滚”。这种问题仿佛是，多年没有联系的小学同学，突然有一天问你“在吗？”，你小心翼翼的点开他的朋友圈，发现半年前他领证了，经过强大的逻辑推理，你猜测他要办喜酒了，所以不要回复，不要回复，不要回复，你只要不回复他就不知道你在不在。
你永远不知道你回复“是”之后是什么结果。无厘头一点，如果有人问，“群里的大神，谁会折纸飞机吗？”，你回答“我会呀”，然后他接着一句，“我最近想造一架飞机，你能帮我吗？”。你是不是有一种想把那个提问者打爆的冲动。
除了上面“有人会做XX，我有一个问题想问下”体以外，我还见过直接丢出截图体，直接复制报错信息自己以为有用****的一行体，从我的经验看，这些问题的解决概率，就和你在路边拿个碗别人往你碗里丢钱的概率一样的，依赖于别人是否有心情搭理你。我也建议，看到这类提问，大家都不要回答，直到这些人学会了恰当的提问方式。
那你可能会问了，什么是恰当的提问方式呢？判断一个提问是否恰当的一个金标准就是，你是否在这个问题上花了足够多时间，让回答者看到你的诚意。以此延伸出的具体细节可以参考
提问的智慧: https://github.com/ryanhanwu/How-To-Ask-Questions-The-Smart-Way/blob/master/README-zh_CN.md
其中有三条非常重要：
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只要是搜索引擎能回答的就别问别人。比如说你问别人如何将SAM文件转成BAM格式。这个问题你用SAM和BAM作为关键字出来一堆回答好吗？
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你要知道自己提问的目的是什么？你会不会在作弊传递字条的时候，在字条写“在吗？”， 你肯定是要问，第1题第2问答案是什么吧！搞清楚自己的问题是什么，把问题问的清楚点，节约双方的时间。
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要方便别人回答。所有人的时间都是有价值的，我不希望自己在解决别人的问题时候，还要推测出提问的人意图。你忘了你中学时被出题人的意图支配的恐惧了吗？
作为一个经常写点分析的教程的人，我也每天遇到问题，大部分问题我都通过百度、bing和谷歌解决了。还有一些问题，我暂时搞不定，我思索了半天，依旧有一些困惑，我会选择发邮件问下作者。举一个最近的一个案例吧，
我在摸索别人一句话带过的peak注释步骤时，有一步我存在疑惑，“terminal region as -1,000 to +1,000 bp from the poly(A) site”，我一直以来都用的是ChIPseeker和HOMER对peak进行注释，结果里没有出现的terminal region。为了避免我自己对GTF注释文件的不熟悉，我还特意去对GTF的第三列做了一下分析, 发现没有Poly(A) site的定义。虽然这里面也没有TSS，但是我们知道第一个外显子的位置就是TSS。带着疑问，我就发了一份邮件给对方。
由于他不是通讯作者，我并没有直接发邮件给通讯作者要他的联系方式，而是用通过各种途径去搜索（先找到了他的谷歌学术页面，发现他是通过学校邮箱验证的，于是用学校加他的中文拼音，最后找到了邮件地址），这就是能自己搜到的就别麻烦别人了。
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作者特地给我找了一张图，用于解释我的疑问，这张图瞬间就解决了我的问题，也就是一般上定义转录本的结尾为poly(A) sites.
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我在自己薄弱的地方尽可能做了一些调查，在提问中做出了思考，并且将关键字粗体标明方便回答者找到，最后我也得到了我想要的答案。
其实除了这个问题外，我还有很多问题是原本要问但是没有问的。比如作者的peak calling这部分分析，我刚开始的时候得到peak size的中位数比他的大了200bp以上，和他原文的结论有出入。我本来是想发邮件问作者具体的脚本是什么？但是那个时候的我只跑了一种参数，其实还有很多可能性我没有运行，这就说明我还没有做足功课。于是我就继续尝试了多种策略，最后发现需要链特异性的peak calling需要在MACS2上加上一个—nomodel才行。
综上，让自己觉得问心无愧的提问才是一个合格的提问。
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