马明菩萨说“三界一切皆以心为自性，离心则无六尘境界；何以故？一切诸法以心为主，从妄念起，凡所分别，皆分别自心，心不见心，无相可得。”是说一切众生都是以于心、意、识三个心的功能才能在三界中运作和转变。这个心是指如来藏，意是意根，也叫末那，就是第七识，识是第六识意识，这三个识是构成所有有情的一切世出世间活动的核心。任何希望有所修行的人正确的认知才能有所深入。
意根的作用才能促使阿赖耶识的业种和无明现行，才有能见所见能取的境界相出现，一切法才能现起运作，以心为自性也就是说，依如来藏为体才会有生灭性的七识心王与如来藏的合和运转。因为七转识都是如来藏所生，所以非一非异，这样涵盖如来藏与七转识等八识心王为一心时，就称为阿赖耶识，就是“一心唯摄八识”之意。
很多人不了解第七识，这个识也叫末那识，祂的作用非常的重要，是所有修行人必须认知的。马明菩萨说；“此意复有五种异名；一是业识，谓无明不觉心动。二是转识，为依心动能见境界。三名现识，谓现一切诸境界相，犹如明镜现众色相，现识亦尔，如其五境对至即现，无有前后，不由功力。四名智识，谓分别染净诸法。五名相续识，谓恒作意相续不断，任持过去善恶等业，令不坏失，成熟现、未苦乐等报，使无违越；已曾经事忽然忆念，未曾经事妄生分别”。
所以称为业识，是因为众生没有觉悟，也就是有无明存在，所以就有妄念出现，就有业的行为出现，如果已经觉悟，这种觉悟境界就会很清楚的知道，就不会再有因无明而心动的问题，因为三界有为法中的苦乐舍受的一切业果都是意根承受，心真如从来不受，意根配合意识的时候就会有苦乐觉受，他是间接的从意识来受这个苦乐，本身虽然不受苦乐，但意根始终是与意识在一起的，把意识的觉受执为自己的觉受，所以这时候就有苦乐觉受。说为业识，因为起心动念的是第七识，所以造业的是祂，承受业果也是他，使业种果报现行的也是他。由于这个心不断的受意识觉知心错误的思维所熏习，使其会与无明的业力相应，与这些烦恼相应，就会让觉知心不断现行，这就是不觉、一念心动。由于祂使见闻觉知心不断现行，不断去造业，如果不是意根有这样的执着，觉知心就不会现行，就会住于涅槃中。
意根也称为转识；由于前面的业识的无明不觉与业力，所以心动了，就开始了在三界六尘有为法当中不断的运转。意根心动了就使意识现前了，因为累劫以来，觉知心的错误知见、无明的熏习，使得觉知心因为无明和业力的关系，不知不觉的心动，而且是时时刻刻的不曾间断的，就有了能见六尘的境界相存在。意根自己的“能见境界相”（功能低劣）由于有意识的配合的缘故，变得很伶俐，因此说他为转识，就是不断运转的识。
意根还是一个守望者，祂从来都是运作不断，就便是意识的五位中意根也从不断的守护。处处做主，时时做主，刹那刹那思量着一切法尘有无重大变动，祂才是真正的自己，刹那不停的运作不断，这个祂不是意识而是意根，也是心理学所说的“潜意识”，或者说为“直觉”。
祂还称为现识；是说它能够显现一切境界相（这个显现与真如的显现不同）；是说祂让阿赖耶识把一切六尘相变为五根面对五尘，因此显现了内相分六尘出来。又由于意根末那识能促使阿赖耶识流出意识觉知心的种子，使得境界相被意识领纳，因此有境界相。意识心不生则无内相分被了知，所以意根就叫现识。只要有他在，阿赖耶识就会“犹如明镜现众色相”，是他的存在让阿赖耶识现起内相分，如果没有意根的存在就是无余涅槃的境界。他的攀缘性、执着性存在，才会有如来藏产生内相分而境界相显现。如果入了无余涅槃，意识灭了，意根也灭了，所有境界相都不再现起了，而不现起境界相的原因是意根灭了，所以如果不是意根的作用，就不可能有境界相存在，所以祂就叫现识。
如果没有意根的作意阿赖耶识就不会现起五尘相与法尘。没有意根的作意阿赖耶识不会流出意识种子，也不会有意识出现。祂本身便缘一切境的缘故，所以当你眠熟无梦的时候，意根继续以很差的慧心所在了知法尘有否变动。就如入睡着无梦的时候，因为意根没有唤起意识来作为自己的所用功能，这个时候就不会有境界存在，意识断了没有觉知性存在也就没有境界了。但是如果眠熟无梦是真的没有显现五尘法尘境界相的话，那就应该意根不会接触到法尘，就不会醒来了，那么为什么还会醒来呢？显然还是有境界相的接触。当天亮的时候有亮光的法尘显现，意根对于这种外境的变化就会唤醒粗意识，他认为光线已经亮了，该起来了，意根就决定让意识完全现起，他每一刹那都一直的观察，每一刹那都下决定，该起床了，意识就出现了有了六尘的觉知，也就醒过来了。因此是祂促使阿赖耶识犹如明镜一样现起种种境界相，他是一切境界相现起的动力。
由于意根的执着性，就有死后中阴身的出生，当意根断灭就是涅槃（具解脱阿罗汉死后直接入涅槃为现般涅槃，慧解脱阿罗汉都是第一个中阴身后涅槃，就叫中般涅盘）。意根以具有遍计执性，所以总是恒审思量、处处做主，时时做主，则人死后就不肯令自己消失，所以才有中阴身出现，当恶业受报时遂随恶业境风做主，而牵自心藏识受傍生等身。若造善业之人，末那于所现善业境界中做主，受生三善道。共业世界国土之形成坏灭也如是，需由末那方能示现。凡此皆须依于末那之功能（非唯藏识自心所能现起，祂一切皆不做主，不起分别），所以意根又名现识。所以佛法中说；“受用、建立、身、是众生现识”。
无始以来一向如是，令自心如来藏随之受诸生死。
意根也叫智识，都以为想问题，处理事相是意识的作用，其实所有这些都是两个识的共同作用。然意根分别慧极劣，离开意识就拙于分别，意识又不能触及藏识业种，只有意根方能触及，若离开意识唯能执有不能分别。意根当他与意识在一起的时候，他不用意识在那边思维，他不需要，他透过意识的觉照就直接了知“这是对的，错的，应该这样或应该那样”。意根的分别性很厉害，在一刹那之间就使意识（认为意识就是自己）把他分别完成了，这是直觉的智慧，所以叫智识（这是因为原来在他背后的意识熏习过的记忆—意识熏习过的那个记忆种子，所以当下就可以判定。再如用单脚站立为什么能够平衡调整，也是意根的直觉作用）。
还称为相续识，祂从无始以来一直相续不断，永远不断，只有进入涅槃意根才断。为什么菩萨发了受生愿“我一定要世世受生，不入无余涅槃”，所以就会有一点执着不断，留下一点思惑，死后就有中阴身出现，就可以有选择的找到适合的姻缘再投胎，意根做出这样的决定，就有意识观察选择，意识只是意根的工具而已。相续的又一含义是“任持过去善恶等业种令不坏失”；任持就是说不必起念，就能够随缘任运的执取过去所造的一切善业恶业及一切无记的习气，使得业种都不坏失。所以人很多的痛苦的经历意识想要忘去，但是就是忘不掉，就是因为意根像一个垃圾收集者一样，不论什么东西都收藏在如来藏中，所以有些做了恶业的人他的意识心想要把所造的恶业种子丢掉，就是丢不掉，到了舍报的时候那个业境就一片一片的出现了，接下来就有因果律而受报。
这个意根他有能力从那个从不做主的真心里面接触到那些业行的记忆，因缘成熟的时候，比如静坐进入到等持位中，或者缘熟时的梦中，但是觉知心想接触是接触不到的，除非有宿命通，由于意根相续的作用，能够把过去世所修的无漏业种子不断地连接起来，可以透过三昧或梦境使其重现，也就是能把阿赖耶识里面的东西接触到、再取出来，所以境界就重现了。对于未经的事，他就会妄生分别。所以对于修学佛道来讲由于意根的相续性，使他能延续过去世所修学的佛道。虽有离见闻觉知的阿赖耶识，只有第七识才会让阿赖耶识出生中阴身，否则无法投胎下一世。意根会随着习性而不是像意识一样去分别，所以当人死后如来藏中的业果报系统就会现起境界，也就是依照所造的业而出现业风，意根就会依业所显境界按照习性选择投胎。
四阿含经中佛说；“眼、色因缘生眼识，，，乃至意、法因缘生意识。诸所有意识，彼一切皆意、法因缘生。”此圣教修行人可以在现量上进行观察，可以证实意根摄入法尘后所产生的意识的觉知性，所以说意识是生灭法，不但要依止意根、法尘，也要依止如来藏才能出现，才能在清醒位中“览尘斯意”，可见意识是必须依赖于意根才能存在，并没有真实的自体性。马鸣菩萨所说的识即是第六识觉知心，在唯识中也叫第三能变识，有念灵知、离念灵知心也都是意识，也是依于相续识意根而说的不相续识，祂于五位中（熟睡等）是断灭的，而前五识是附带于意识而运作的。一切凡夫依于末那这个相续识，然后起了别。
意识心也叫分别事识，它能够了别种种境界，了别六尘，能在各种三界有为法与无为法上面做种种事项上的了别。马鸣菩萨又把它叫分离识，是说进入等持位当中，在等持位的神足通中他可以有那种分离于根本识外的作用，当然还是根本识直接流注意识心种子才能现起。他本身运作的时候并不是直接跟真如心接触，是通过末那来运作的，所以叫分离识。也就是由于意根的关系，所以才有内相分的法尘进入，当内相分法尘进入意根心中，就是法尘与意根相触，引生如来藏中的意识种子出来，于是才有觉知心的出现，从而有了觉知性。意识觉知心就是在意根及胜义根显现的内相分相触之处出现，经中说为“集知居中”，是说意根被胜义根与内相分中的法尘所吸引，把自己的微细了知性全部集中在胜义根与内相分接触的地方，处于胜义根与法尘之中，然后促使如来藏的妙真如性出生识阴六识。这些法尘是内法尘，而不是外法，这就是经常说的世人颠倒，因为都以为所见、所闻等是外法，岂不知每一个有情都是在自己的如来藏中，并没有接触到外法。这也是人们不真正的懂得《楞严经》中的“见闻逆流”，或者没有能力去观行意根，更不知道意根的处所，无法观到意根对一切诸法的所缘，这就是“流不及地”。只有定力不断深厚，能够深入观行并找到现观意根的住处，才能真正认清楚意根处于意识同在的境界中的见闻觉知性，具有这样的能力继续进修才有感应众生的能力。
凡是于六尘中起见闻觉知境界，于定境法尘中起定中境界，都是意识的境界。凡是觉与知，不论如何的微细都是意识境界。有的书中说；要人于一切时中观照妄想灭，而心不随之，说这个不随起灭的就是真心，认为意识心的另一面也就是无妄想的一面就是真心。还有的说，前念以过后念未生之时，这中间的境界就是真心，而不知此时仍是意识心的证自证分的作用所看到的意识心的境界。还有能观妄想之心是依于别境心所法而起观照之用，不离五别境心所法作用，道种智中说为意识。在方广经中说“第一义谛离诸觉观，无觉观者是名心性”。这就是说凡能观照之心，不离觉观，觉观之心就是意识心，依他起性，每日现起，眠熟断灭。而是第一义谛，亦名自在心或心性，从来离诸觉观，不在五尘中分别，所以才说“无觉观者谓自在之心”。
众生颠倒想者都会认为这个觉知心就是常不坏的我，而将自己所接触的六尘认作我所接触、我所拥有、我所享受、我所厌恶的外尘，都是我所之法，因为这个分别的关系所以就会执著与我与我所。色，，，是我所有，一切六尘是我所触，五欲是我所贪，将见闻觉知心认作我；这样的执著我与我所，所以都落在意识上面自我执着，也不愿离开我所，这是把意识当作真实我。其实意识是依附于末那才能存在的，是依附于刹那刹那思量不断地相续心去做种种妄想而执著六尘我所等境界，这就是意识觉知心。祂一定是依附于相续识的运作才能现起与存在，祂相比于意根的不能觉察自己而被佛称为众生所执着的我，因为能分别了知六尘等境界，所以六尘和色身等法即成为我所。由有意根的缘故而有觉之心，然后再于六尘当中取种种境界，认知到自己确实处于六尘中受用诸法。
佛法说；“意识者、境界分段计着生，习气长养藏识”；为什么意识习气会长养藏识，皆因意识与意根同时同处，意识以意为根，秉意根作意而现起，秉意根作意而断灭及作种种分别，乃至秉意根而做出种种世间法之闻思修证，离开意根，意识觉知心无所能为。意识触六尘运为时有三具有依；如来藏、意根、五色根，缺一则不能现行，何况能觉知？意识现行必以藏识为俱有依，由藏识秉意根作意而流注意识种子，令意识现行。意识的种种熏习，必定影响意根之习气种子即执着性；如是由意识之种种熏习使意识意根习气转变，有世人的贪嗔痴慢，修行人的清净有智。其根本还是藏识种子的改变，人们都以想事的这个心为我，其实细分后才清楚是意根，意识秉意根而思、而行，意根是具有依。而如来藏也是唯意根而行，那么这个想事的我还是意根，但是意根则是生灭的，是如来藏的种子流注才能显现作用。意识既然有三个具有依，也就是此一世的意识是有五根和意根为缘而由藏识流注意识种子才能出现，由于此一世出生后尚要经由熏习诸法记于胜义根（大脑），所以出生时懵无所知，而必须经由熏习才能形成知识的累积，前世所记忆的诸法，由于前世五根已坏，不复记忆，转入藏识中成为随眠，须具他缘才能现行方能与此世意识相应。
执著意识心为常不坏灭者既是妄想相；有人现见意识心夜夜断灭，误以为意识于眠熟位为休息不动故不起觉知，此名妄想相；误认意识可以眠熟后復醒，并不知道睡眠这一法是因为意识的断灭而有，甚至衍生出要修行到睡梦中都能做主的妄想，一个断灭的法如何会在断灭的时候还能做主呢？还有的以为意识可以去到后世，然而现见意识不能知晓过去世，不能如醒来一样知到昨日事，而编造孟婆汤之故事，令其可以往来三世之妄想合理化。以如是妄想建立孟婆汤情事，如是建立意识为不灭之心，建立意识可以往来三世，成为轮回的主角；建立已，摄受如是邪见不舍，随生计著，是名佛所说的“妄想相摄受计著建立见”。
意识的产生是因为有情对镜时，必定有（相、见）二分同时存在，亦即相分现起时，见分也会同时现起，但一定是先有相分后才能有见分六识心生起，不会先有见分后才有相分的，更不会没有相分而可以有见分六识单独存才。即便是离念灵知心（处于了了常知，寂而常照，其实不能常及长），也必定有相相对，这个相是一个镜像，即便就是一个平静得像，也还是相，这时有意识的见分出现，所见的就是一个不再变动的相，所以意识是有相分出现才能出生的。处于一念不生的寂而常照的状态中就是离念灵知境界，这个境界也是不能不缘意根和法尘单独存在和生起的。
观察七转识如何升起及运作如何演变及消失？当你所修的动中定力成就后，身心是清净的，以思维观来观察可以感觉到身体是清透的，这时如来藏所提供的触尘让身识和意识清楚的知道这时是清净无妄念的境界，意识对于这种状态做细致的了别，能够详细地分别出身体中那一处有否有变化等，感知触尘的状态，有证自证分故也能感知意识自己在思维什么。同样眼识看到的是色尘粗相，如眼识能分别显色—青黄赤白，而不能分别形色、表色、无表色，故意识有别于眼识（每一幅色尘的形态，连续的色尘图片的分别就是眼识与意识的识别过程），这也是意识生起运作的原因。意识所面对的是对于细相了别。同样面对于声尘、味尘、香尘，耳识、鼻识、舌识也只能了别粗相，这样意识能了别五尘的细相及其所现的法尘，因此五识须与意识具起，方能了别五尘，意识也是眼等五尘的具有依。
所见的都是藏识所提供的内相分，能见的也是藏识的功能即种子流注所显现的分别作用（能见所见都是自心所现）。当你睁眼的瞬间所见的是一幅图像，藏识透过眼根将这幅图像转为内相分似有质境，内尘的变动意根不能分别而唤起意识要进行了别，同时眼根也触及色尘（内相分）做出形象化的了别，意识做细相了别，从而看清这幅图像的真实状况。恒审思量的意根总是时时的对内尘变动去识知，但自身又了别性很差，故发现内尘的变动就唤起意识去了别。
了知六七识之自性，才能了知三界一切法相之自性；不同原因及不同外缘，必定产生无量差别法相，而一切法相皆由自心藏识转展而生，非独缘能现。藏识依色阴及不坏命根之六根，变生出内相分五尘与意根末那相触，转生出法尘，故六尘具起；六尘具起故十八界具足，万法生。此万法皆由内六尘相分而起，此六尘相分似有质境，而非如外五尘相分必有质境，故能由非色法之七转识所触知了别。七转识以能触知了别内六尘相分故，具见闻觉知体性，是故七转识现行之时，恒有能取六尘相分之性，名为能取，依此能取性而集后有种子即为识藏的集性自性。现观自心现量，故知八识心王之集性自性，则知执此能取所取境界都是妄想境界。实为自心取自心，非外法可得。证知此理则知三界一切法相悉是如此。名为了知三界一切法相自性。
众生于三界中生活，每日之现量境界既是所取之六尘相及能取之我—七转识—能觉能知而又处处做主之心。然此能取及所取相分（我与六尘相），皆依藏识自心而幻起幻灭。当外境界风吹（外相分入），藏识便依五根现起内五尘相，七转识浪随之现起，追逐五尘及其所生法尘，相续生灭不断，藏识与其中间犹如明镜现诸等，而不分别取舍，显现能取及所取之七转识及六尘相之生灭变异，而自身是如如不动的。
能取之我所涵盖七识，即为见色的眼识、辨别声音的耳识、能分别所食味道的舌识、能嗅出气味的鼻识、能感知身体状态的身识、还有能分别五尘粗相也能分别五尘细相及法尘相的意识，还有第七识意根，在唯识中说为末那、即处处做主之心。佛陀于阿含经中说“眼、色因缘生眼识，，，，”乃至“意、法因缘生意识”；从眼识到意识等六识心体，都是根、尘、触三法和合因缘所生识，摄属识蕴中，都是所生法，是有生有灭的法；因此意识既是有生有灭是籍缘而生的法，当知必定是必灭之法，不是常住法、本住法。通过观察意根—末那与意识的区别，找出意识与末那的相互关系，全面清楚地知道二识的自性，真实证得其非有真实的自性，并于一一法界现前观察，且审细观察，弄清意识觉知心自体及其变相，比如；离念灵知心、定中的离念灵知心，一念不生时的意识心等等，都是生灭的法。色身，意识，意根都是无常之缘起性空的我，都是第八识所出生的法，本身自性生灭的，因此确认自己是虚妄的。只有第八识常驻的，我见、常见、邪见无法存在了，由于第六识透过这样微妙殊胜的观察后，发现十方法界一切有情皆以第八识为本，能这样现观自他有情无分别心的清净运为，这时身心的真实感消退了。从而断除我见，破无明，证初果，得入道矣。
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