Protein-protein interactions of human viruses

人类病毒的蛋白质-蛋白质相互作用
Protein-protein interactions of human viruses - PMC (nih.gov)

病毒通过病毒与宿主蛋白之间的一系列相互作用感染人类宿主，这表明对病毒-宿主相互作用界面的详细了解对于我们理解病毒感染机制、疾病病因学和开发新药物至关重要。在这篇综述中，我们主要调查人类宿主-病毒交互数据，这些数据可以从公共数据库中获得，遵循标准的 PSI-MS 格式。值得注意的是，现有的宿主-病毒蛋白相互作用信息强烈偏向于少数病毒科，包括疱疹病毒科、乳头瘤病毒科、正黏液病毒科病毒科和病毒后科。在我们探索这些蛋白质相互作用的可靠性和相关性的同时，我们也调查了目前关于病毒功能和拓扑目标的知识。此外，我们评估新兴的前沿宿主-病毒蛋白质相互作用的研究，重点是蛋白质相互作用界面的宿主，被不同的病毒和病毒感染，感染多个宿主。最后，我们涵盖了目前的研究现状，调查病毒靶向宿主蛋白与其他共存病的关系以及宿主-病毒蛋白相互作用对人体代谢的影响。
PHI-PPIs were drawn from databases shown in bold.

Table 3

Overview of host-pathogen and other protein-protein interaction databases that provide human-virus protein interactions. PHI-PPIs were drawn from databases shown in bold.

database	database type	Human viral species	webpage	Physical PPIs* (March, 2018)	Direct PPIs** (March, 2018)	Ref.
HCVPro	PHI	only HCV	http://www.cbrc.kaust.edu.sa/hcvpro/	618	565	[24]
HIV-1 @NCBI	PHI	only HIV	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/retroviruses/hiv-1/interactions/	6,824	1,594	[26]
PHIDIAS	PHI	37	http://www.phidias.us	***	***	[29]
PHISTO	PHI	****	http://www.phisto.org	****	****	[108]
HPIDB	PHI	43	http://www.agbase.msstate.edu/hpi/main.html	19,681	10,628	[28]
VirHostNet	PHI	106	http://virhostnet.prabi.fr	20,674	14,013	[25]
VirusMentha	PHI	98	http://virusmentha.uniroma2.it	10,692	5,863	[27]
DenHunt	PHI	1	http://proline.biochem.iisc.ernet.in/DenHunt/)	1,064	682	[109]
DenvInt	PHI	1	https://denvint.000webhostapp.com	784	784	[65]
BioGRID	PPI	13	https://thebiogrid.org/	2,427	1,936	[19]
DIP	PPI	48	http://dip.mbi.ucla.edu/dip/	519	430	[20]

人-病毒相互作用结构信息图谱

A Structure-Informed Atlas of Human-Virus Interactions: Cell

虽然蛋白质-蛋白质相互作用的知识对于理解病毒-宿主关系至关重要，但高通量方法的可伸缩性受到限制，妨碍了它们的识别，而不仅限于一些经过充分研究的病毒。在这里，我们实现了一个在硅计算框架(病原体宿主交叉组预测使用结构相似性[ P-HIPSTer ]) ，使用结构信息预测∼282,000泛病毒-人类质子泵抑制剂，实验验证率∼76% 。除了重新发现已知的生物学之外，P-HIPSTer 还产生了一系列新的发现: 发现了跨感染人类病毒的共享和独特的机制，zikv-esr1相互作用在调节病毒复制中可能发挥的作用，鉴定了区分具有高和低致瘤潜力的人乳头状瘤病毒(HPVs)的质子泵抑制剂，以及对人类蛋白质组施加选择性进化压力的结构启用历史。此外，P-HIPSTer 使人们能够发现以前未被发现的作用于感染人类的病毒的细胞电路，并提供了对难以治疗的实验病毒的深入了解。
p-hipster (phipster.org)

CE-BLAST makes it possible to compute antigenic similarity for newly emerging pathogens

疫苗开发的主要挑战包括迅速选择或设计免疫原，以提高针对不同种内或种间病原体的交叉保护性免疫，特别是针对新出现的品种。这里我们提出了一种计算方法，构象表位(CE)-BLAST，用于计算不同病原体之间的抗原相似性，这种方法不依赖于先前的结合分析信息，不同于现有的高度依赖于历史实验数据的模型。工具验证结合了流感相关的实验数据，足以确定稳定性和可靠性。应用于登革热相关数据表明，计算机群和实验血清学数据之间的高度协调，无法用传统分组检测。CE-BLAST 鉴定了最近的寨卡病原体和登革病毒之间潜在的交叉反应抗原表位，这一点得到了实验数据的精确证实。没有实验结合数据的病原体的高性能表明，CE-BLAST 在迅速设计交叉保护性疫苗或迅速确定目前上市的针对新出现病原体的疫苗的效力方面具有潜在效用，而新出现的病原体是控制新出现的疾病爆发的关键因素。
baddtongji/CE_BLAST: code for CE-BLAST, a project for comparing antigenic similarity for protein antigens (github.com)

病毒数据库汇总

推荐收藏，可能是最全的病毒数据库汇总！ (qq.com)
1.GISAID，链接：https://www.gisaid.org/phylodynamics/global/
2.ViralZone，链接：https://viralzone.expasy.org/
3.Virus-Host DB，链接: https://www.genome.jp/virushostdb/
4.BV-BRC，链接: https://www.bv-brc.org/
5.COVdb，链接：https://covdb.stanford.edu/
6.Reference Viral DataBase (RVDB)，网址：https://rvdb.dbi.udel.edu/
8.NCBA Virus：www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/
9.Human-Virus Interaction DataBase：http://zzdlab.com/hvidb/
10.VirusMINT：https://www.hsls.pitt.edu/obrc/index.php?page=URL1232734234
11.Virhostome：http://interactome.dfci.harvard.edu/V_hostome/
12.PaVE：https://pave.niaid.nih.gov/
13.ERVd：https://herv.img.cas.cz/
14.COGdb：https://vogdb.org/
15.HPV Sequence Database：http://hpv.unl.edu/HPV/Database.html

VirusViz: comparative analysis and effective visualization of viral nucleotide and amino acid variants

变异可视化在支持病毒进化分析方面发挥着重要作用，在2019冠状病毒疾病大流行期间非常有价值。VirusViz 是一个比较选定病毒种群及其亚种群变体的网络应用程序，它主要关注 SARS-CoV-2变体，尽管该工具也支持其他病毒种群(SARS-CoV、 MERS-CoV、登革热、埃博拉病毒)。作为输入，VirusViz 导入从大型数据库 ViruSurf 中提取变体和元数据的查询结果，该数据库整合了世界各地公开保存的大多数 SARS-CoV-2序列的信息。此外，VirusViz 接受新病毒群体的序列作为多 FASTA 文件加上 CSV 格式的相应元数据; 生物信息管道通过提取核苷酸和氨基酸变体为 VirusViz 构建合适的输入。VirusViz 的页面提供元数据汇总、变体描述和变体可视化，具有丰富的缩放选项，突出显示变体或感兴趣的区域，并从核苷酸转换为氨基酸; 序列可以分组，组可以进行比较分析。对于 SARS-CoV-2，我们手动收集具有已知或预测的严重程度/毒力水平的突变，如相关研究文章所示; 在序列中观察到这种关键突变时报告。该系统包括用于下载、恢复和合并数据分析会话的轻量级项目管理。VirusViz 可以在 http://gmql.eu/VirusViz/免费获得。