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软件安装篇:corehunter

软件安装篇:corehunter

作者: 测序九月 | 来源:发表于2023-02-20 22:10 被阅读0次

    遇到了很多报错,最终也是通过不同方法装成功了。

    问题1、提示rJava版本不到Java8

    Loading required package: rJava
    Error: package or namespace load failed for ‘corehunter’:
     .onLoad failed in loadNamespace() for 'corehunter', details:
      call: fun(libname, pkgname)
      error: Java version 8 or later required. Found version 7.
    Execution halted
    

    通过查看环境变量,可以看出我是java8,

    which java
    /public/System/jre1.8.0_25/bin/java
    echo "$JAVA_HOME"
    /public/System/jre1.8.0_25
    

    但后来我发现系统有个java版本是java7

    /usr/java/latest/bin/java -version
    java version "1.7.0_51"
    Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_51-b13)
    Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.51-b03, mixed mode)
    

    所以R并没有正确的识别

    问题2、没有root权限

    事实上,我卡在rJava安装的这步,这时R解释器给了提示 R CMD javareconf, 我执行后,变成了需要再次执行 并使用 root

    Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
    If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.
    
    ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
    

    解决、conda 永远的神

    因为要root,我本来已经准备放弃,后来想到,conda也许可以帮忙装环境,搜到了,而且安装成功


    image.png

    后续,conda 陨落

    本来打算一鼓作气用conda装完,结果conda执行完后,提示成功,但却没有corehunter包


    image.png

    最终,用R的CRAN补了corehunter包

    #R语言
    install.packages("corehunter")
    ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
    * DONE (corehunter)
    
    The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpicjoAB/downloaded_packages’
    Updating HTML index of packages in '.Library'
    Making 'packages.html' ... done
    > library("corehunter")
    Loading required package: rJava
    

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