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软件安装篇:corehunter

软件安装篇:corehunter

作者: 测序九月 | 来源:发表于2023-02-20 22:10 被阅读0次

遇到了很多报错,最终也是通过不同方法装成功了。

问题1、提示rJava版本不到Java8

Loading required package: rJava
Error: package or namespace load failed for ‘corehunter’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'corehunter', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Java version 8 or later required. Found version 7.
Execution halted

通过查看环境变量,可以看出我是java8,

which java
/public/System/jre1.8.0_25/bin/java
echo "$JAVA_HOME"
/public/System/jre1.8.0_25

但后来我发现系统有个java版本是java7

/usr/java/latest/bin/java -version
java version "1.7.0_51"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_51-b13)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.51-b03, mixed mode)

所以R并没有正确的识别

问题2、没有root权限

事实上,我卡在rJava安装的这步,这时R解释器给了提示 R CMD javareconf, 我执行后,变成了需要再次执行 并使用 root

Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

解决、conda 永远的神

因为要root,我本来已经准备放弃,后来想到,conda也许可以帮忙装环境,搜到了,而且安装成功


image.png

后续,conda 陨落

本来打算一鼓作气用conda装完,结果conda执行完后,提示成功,但却没有corehunter包


image.png

最终,用R的CRAN补了corehunter包

#R语言
install.packages("corehunter")
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (corehunter)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpicjoAB/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
> library("corehunter")
Loading required package: rJava

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