"迄今为止，GE0已包含300,000个样本的数据，涉及16亿个基因表达丰度数据，涵盖500多种生物，涵盖广泛的生物学内容。 "
生物种数统计方法：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/?view=platforms
找到平台信息，点击emport，一次只能下5000条，所以分4次下完
p1 <- read.csv('platform.csv')
p2 <- read.csv('platform (1).csv')
p3 <- read.csv('platform (2).csv')
p4 <- read.csv('platform (3).csv')
p <- rbind(p1,p2,p3,p4)
colnames(p)
library(tidyverse)
co <- count(p,Taxonomy,sort=T)
#还可以统计sample和series，不过这个在首页上就有。
sum(p$Samples.Count)
sum(p$Series.Count)
就是这样
"迄今为止，GE0已包含300,000个样本的数据，涉及16亿个基因表达丰度数据，涵盖500多种生物，涵盖广泛的生...
GEO数据库是啥？ 基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO） GEO是由美国国立生...
第二节:GEO 数据库 GEO，全称 Gene Expression Omnibus(基因表达综合数据库) GEO...
基础知识： GEO数据库架构介绍：https://www.jianshu.com/p/34b86d6953f3 G...
核心基因筛选 本次例子为GEO 数据库筛选： 概念:1、GEO数据库中的命名：G-SE:GEO Series 系列...
本教程介绍了在GEO数据库中下载单细胞数据集的方法，并进一步处理为scanpy可读取的格式。 第一步：GEO数据库...
从GEO数据库下载数据的方法 1、在GEO DATASETS中输入关键词，选择符合的GSE，在ftp中进行手动下载...
你不得不知道的GEO数据库芯片数据分析方法 大家好，我是阿琛。今天来给大家介绍一个新的专题内容---GEO数据库的...
1.什么是GEO数据库？ GEO数据库全称Gene ExpressionOmnibus database，是由美国...
GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号...
本文标题：GEO数据库覆盖的生物种数统计方法
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/yufceqtx.html
网友评论