生物信息数据库：GEO

基础知识：

• GEO数据库架构介绍：https://www.jianshu.com/p/34b86d6953f3
• GEO数据库中platform信息详解：https://www.jianshu.com/p/39f0882e47f5

芯片数据处理（R语言）：

• GEO数据如何方便地下载？
• 数据什么时候需要标准化？
• 什么时候做log转换？
• 芯片探针如何转换？
• 差异基因如何获得？
• 配对样本的对比矩阵如何构建？
• 配对样本如何作图展示？
• 热图火山图究竟在什么？
• GO分析，KEGG分析怎么做，如何解释？

主要参考部分：

• 1.GEOquery（R包）数据下载
• 6.探针转换与基因去重
• 7.差异分析（limma）

# 如果没有配对信息，差异分析做：
design=model.matrix(~ group_list)
fit=lmFit(exprSet,design)
fit=eBayes(fit)
allDiff=topTable(fit,adjust='fdr',coef="group_listafter",number=Inf,p.value=0.05)

# 有配对信息的，差异分析应该这样做：
pairinfo = factor(rep(1:18,2))
design=model.matrix(~ pairinfo+group_list)
fit=lmFit(exprSet,design)fit=eBayes(fit)
allDiff_pair=topTable(fit,adjust='BH',coef="group_listafter",number=Inf,p.value=0.05)

参考：

• https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyMzA2MTcwMg==&mid=2650733210&idx=1&sn=76f5609282d92ba24644729fede24897&chksm=f029a933c75e2025bc8c54a1ad046c3d5f837849d8f68969aa66bbbe58e194e3df0ed981f5d9&scene=21#wechat_redirect

RNA-seq数据处理：

• 安装软件、新建conda python环境（包含部分Linux系统基础知识）
• 下载数据（sra文件）
• 数据过滤（去接头等）
• Fastqc质控
• Hisat2进行比对
• 计数
• R语言表达谱分析

参考：

• https://www.jianshu.com/p/22f047c26fa8（处理流程）
• https://www.jianshu.com/p/e8e35534fad1（处理流程）
• https://www.jianshu.com/p/18fe8571fda8 流程各阶段软件的选择
• https://www.jianshu.com/p/128d4f2f3547（linux）