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在DNAMAN中对序列进行功能注释图形化

在DNAMAN中对序列进行功能注释图形化

作者: ToBest_wy | 来源:发表于2019-07-08 17:05 被阅读0次

    作为一个生物学湿试验僧,颠来倒去地捣鼓ATCG是不可避免的。而且发表论文中示意图的绘制也是很重要。回想起当时年幼,听前辈的话用PPT绘制的基因组结构示意图。如今想来,自己真是太年轻(下图C)。怎么说来着?君子是善于利用外在条件(譬如,现成的软件)搞事情的。哈哈哈。

    当然,绘制基因组结构的更高效的软件有一大把。只是,最近捣鼓DNAMAN时,解锁一个绘制序列结构图的功能,权且记录一番,作为入坑简书首发。

    Characterization of a novel RNA virus from the phytopathogenic fungus Leptosphaeria biglobosa related to members of the genus Mitovirus | SpringerLink

    软件:DNAMAN 7

    序列:真菌病毒LbMV1的全长序列


    第一步,导入序列

    第二步,在sequence中找到draw sequence map

    箭头所示即为原始图样。我们双击空白区就可以调出调整选项。图中的文本可以点击进行简单的修改和拖拽哦。

    第三步,每个选项卡都去捣鼓吧,获得离想要的。

    通过Site选择输入的起始密码子及位置,如箭头所示,通过添加空格使得密码子的第一个字母A能够与ORF起始边界对齐。同理,终止密码子在后面添加空格。

    第四步,成图

    看着是丑些,估计还要精修。哈哈

    第五步,保存出图。

    方法一:在软件的File-export EMF file即可得到.emf格式的图片文件

    看着还行

    方法二:在软件中edit-copy map即可复制,可以直接Ctrl V到打开的Word等办公软件中

    想把RdRp放到灰色框框上,发现被覆盖显示不了。

    结语

    相比于PPT做图,DNAMAN在位置比例等方面更方便精准,但是在图形元素的位置大小调整上,相对弱鸡点。

    这是半桶水晃荡的体验啦,哈哈。

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