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极快速度下载并使用TCGA数据

极快速度下载并使用TCGA数据

作者: 找兔子的小萝卜 | 来源:发表于2023-02-22 19:39 被阅读0次

首先下载表达矩阵的最快方式就是,登陆网站:cBioPortal;cBioPortal for Cancer Genomics

第一步:点击下图红色圈

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第二步:在红圈处搜索你需要的癌症类型,比如“liver”

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第三步:按照自己需求,点击下载

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第四步:打开下载的数据

1 临床样本信息
2 表达矩阵(一般选用counts),第二个红圈,使用R打开,进行你想要的任何操作;


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此方法比一般从TCGA数据库下载那些原始数据进行操作更简单,快速。

此番方法唯一的缺点就是下载不到正常对照组数据,不过也没关系TCGA的对照组数据样本量很少;最好的方法是取GTEx下载,下次讲解具体办法。

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