美文网首页
snakemake流程开发

snakemake流程开发

作者: siyao41 | 来源:发表于2021-05-07 18:31 被阅读0次

官方文档https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/
使用场景:搭建生信分析流程,可重复性使用,支持分析中断继续分析的功能。
安装:推荐使用conda安装。
先安装conda,然后使用conda安装mamba软件

$ conda install -n base -c conda-forge mamba

激活base环境,使用mamba安装snakemake

$ conda activate base
$ mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake

激活snakemake环境,测试是否安装成功

$ conda activate snakemake
$ snakemake —help

相关文章

  • snakemake流程开发

    官方文档:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/[https://...

  • Snakemake

    snakemake是最简单的流程搭建方法,比netxflow简单 Snakemake 工作流管理系统是创建可重复和...

  • snakemake 学习笔记1

    1, snakemake介绍 Snakemake是用Python3写的一个流程化工具, 非常方便. 官网上的例子有...

  • [转]snakemake--我最喜欢的流程管理工具

    使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipe...

  • snakemake

    本文主要学习 snakemake--我最喜欢的流程管理工具 整合多个流程工具,一个很好的流程框架 conda 下载...

  • Shell 使用多线程提交任务-FIFO

    参考: 学习snakemake,三步轻松搭建生信流程![https://zhuanlan.zhihu.com/p/...

  • snakemake分析双端测序的RNA-seq数据

    上一次讲述了如何利用snakemake进行RNA-seq分析流程的构建:RNAseq分析流程:从测序Rawdata...

  • snakemake使用笔记

    snakemake是一个用来编写任务流程的工具,用python编写的,因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂,易于理解...

  • [转]snakemake使用笔记

    snakemake是一个用来编写任务流程的工具,用python编写的,因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂,易于理解...

  • snakemake -- 学习

    snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/st...

网友评论

      本文标题:snakemake流程开发

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/yvkedltx.html