链特异建库

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-12-28 11:16 被阅读44次

ref1:链特异建库那点事 - 简书

ref2:RNA-Seq 分析链特异性参数设置汇总 - 知乎

有空需要仔细琢磨下!

之前的一个疑问

比对参数: 

hisat2 : --rna-strandness RF

cufflinks : --library-type fr-firststrand

Trinity: --SS_lib_type RF

tophat:--library-type fr-firststrand

STAR: --outSAMstrandField intronMotif

表达定量参数:

featureCounts  -s 1

htseq-count -s yes

stringtie --rf 

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