生信笔记14-转录组下游分析之：富集分析

clusterProfiler是进行富集分析最常用的工具。在我们进行差异分析得到很多差异基因之后，我们可以分别对上调的基因和下调的基因进行差异分析

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)

x <- genes
eg <- bitr(x, fromType="SYMBOL", toType=c("ENTREZID","ENSEMBL"), OrgDb="org.Hs.eg.db"); head(eg)
genelist <- eg$ENTREZID
genelist <- genelist[-duplicated(genelist)]

go <- enrichGO(genelist, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont='ALL',pAdjustMethod = 'BH',pvalueCutoff = 0.05,
               qvalueCutoff = 0.2,keyType = 'ENTREZID')
barplot(go,showCategory=20,drop=T)
dotplot(go,showCategory=50)

还可以绘制GO的网络关系图，但是值得注意的是这里的数据只能是富集一个GO通路（BP、CC或MF）的数据

go.BP <- enrichGO(genelist, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont='BP',pAdjustMethod = 'BH',
                  pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.2,keyType = 'ENTREZID')
plotGOgraph(go.BP)