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2019-07-12

2019-07-12

作者: YX_Andrew | 来源:发表于2019-07-12 15:42 被阅读0次

    fasta序列条数统计
    统计大于号开始的行数或seqkit 工具

    通过搜索>的数量

    grep -c '^>' myFasta.fasta

    seqkit统计提取,速度也是很快的

    seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4

    统计 1-100bp 范围长的序列数

    cat t.fa | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4

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