fasta序列条数统计
统计大于号开始的行数或seqkit 工具
通过搜索>的数量
grep -c '^>' myFasta.fasta
seqkit统计提取,速度也是很快的
seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4
统计 1-100bp 范围长的序列数
cat t.fa | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4
fasta序列条数统计
统计大于号开始的行数或seqkit 工具
grep -c '^>' myFasta.fasta
seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4
cat t.fa | seqkit seq -m 1 -M 100 | seqkit stat -T | grep -v file | cut -f 4
本文标题:2019-07-12
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