R语言ggplot2画带有空白格的热图

image.png

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起。那就按照这个思路试一下看能不能实现。

首先画热图

这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。

那我们就按照这个思路来构造数据

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将数据集按照以上格式整理好，存储在csv文件中。

首先是读入数据

df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T)

以上数据是宽格式，借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式

df1<-reshape2::melt(df)

ggplot2画热图

library(ggplot2)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value),color="black")+
  theme(panel.background = element_blank())

image.png

这个地方遇到一个问题是缺失值如何给他填充为白色，我想到的办法是给缺失值赋值为0，然后将0,1,2,3离散化处理，然后分别分配颜色

df1$value1<-ifelse(is.na(df1$value),0,df1$value)
df1$value1<-as.factor(df1$value1)
summary(df1)
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())

image.png

这样是不是和文章开头提到的图有点像了。

接下来是美化

调整一下y轴的的顺序

df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A))
ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+
  theme(panel.background = element_blank())

image.png

将X轴放到顶部

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")

image.png

标题的下滑线如何用代码添加我暂时还不知道，直接出图后手动编辑吧。上面的图还忘记添加文字标签了，下面补上

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+
  geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+
  scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+
  scale_x_discrete(position = "top")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        axis.text.x.top = element_text(angle = 90,
                                       hjust = 0,
                                       vjust= 0.5),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        legend.position = "none")+
  labs(title = "Plant growth and development")+
  geom_text(aes(label=value1,color=value1))+
  scale_color_manual(values = c("white","black","black","black"))

image.png

好了，今天的内容就介绍到这里了，下一期推文介绍利用堆积柱形图给热图添加分组信息。
如果需要本文的示例数据，直接在文末留言就好了

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