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R语言Viridis包的使用及报错

R语言Viridis包的使用及报错

作者: CrimsonUMO | 来源:发表于2022-05-09 15:37 被阅读0次

因为Frontiers In Immunology要求提供图片的时候选择“对色盲友好”的配色,因此尝试了一下这个包。
但是非常困惑的是经常报错。今天终于解决了问题。记录一下。

Viridis包的用法

首先加载相关的包并作一个简单的图

> library(ggpubr)
> library(ggplot2)
> library(viridis)
原图

用的是ggplot2默认的调色板
之后用Viridis调色,主要是加了这么一条函数:

scale_fill_viridis(option="magma")+

然后就花式报错

Error: Discrete value supplied to continuous scale

大概意思用一个连续型的色带给离散型变量上色。就很费解,不知道去哪找离散型的色带。
一开始尝试把fill的变量替换成连续型的,但是感觉并不好看。所以还是想怎么能把这个颜色替换掉。
直到最后终于发现有一个叫做scale_fill_viridis_d的函数。可以提供离散型的色带。
于是重新作图


重新作图

这下好了。好吧虽然还是很丑。
于是顺便整理了一下各种相关的函数

Viridis包的其他相关函数

scale_fill_viridis_d:
如前所述我们已经知道这个函数可以提供Viridis包的离散型的色带了。
magma(3, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1):
可以输出指定色带指定数量的颜色。

色带一览

Viridis的所有色带

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