NicheNet（https://github.com/saeyslab/nichenetr）是一个计算不同细胞间相互作用的R包，通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合，预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数，可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。
NicheNet需要相互作用的细胞的人类或小鼠基因表达数据作为输入，并将其与通过整合信号通路而构建的模型相结合。与现有方法相反，NicheNet的模型不止是配体与受体的相互作用，还整合了细胞内信号传导。因此，NicheNet可以预测哪些配体影响另一种细胞中的表达，哪些靶基因受每种配体影响以及可能涉及哪些信号传导介质。
NicheNet（https://github.com/saeyslab/nichenetr[https://gi...
作者，追风少年i 系统总结nichenet多条件通讯差异分析 nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（...
对单细胞RNAseq数据常规的分析经常会有对细胞间的相互作用 的分析(cell-cell communicatio...
前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在...
hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以...
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5...
空间分辨转录组分析可以揭示组织结构和环境依赖性细胞-细胞或细胞-环境相互作用的分子机制。由于目前的技术限制，以单细...
器官包含了众多类型的细胞，其中不同的细胞在空间上的相互作用，与其功能密切相关。然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关...
器官包含了众多类型的细胞，其中不同的细胞在空间上的相互作用，与其功能密切相关。然而，单细胞测序破坏了细胞间的空间关...
哺乳动物大脑发育过程极其复杂，包括形态发生、细胞间相互作用和内在的遗传程序，最终形成不同的细胞类型。单细胞转录组和...
本文标题：NicheNet ||细胞间相互作用分析
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/yzcxwktx.html
网友评论