一、minimap2

Manual Reference Pages - minimap2 (1)

• Long-read alignment with CIGAR:

minimap2 -a [-x preset] target.mmi query.fa > output.sam

minimap2 -c [-H] [-k kmer] [-w miniWinSize] [...] target.fa query.fa > output.paf

minimap2 将query序列比对到参考序列上，

• ${sample}_contig.fa : target 参考序列，可以是Megahit组装后的contigs或者参考基因组

• ${sample}_R[12].fq: query 查询序列，paired-end则要指定R1和R2

• -t： Number of threads [3].

• -a ： 生成CIGAR, 并以SAM格式输出比对结果（minimap2默认输出PAF格式的文件）

• -x [STR]： 预设选项。部分选项：

  • -x map-ont： 默认选项， 将noisy long reads(~10% error rate)比对到参考基因组
  • -x sr： Short single-end reads without splicing.

• -o FILE Output alignments to FILE [stdout].

$minimap2 -ax sr \          # 短reads比对模式；以SAM格式输出比对结果
    -t ${threads} \         # 设置CPU线程数（threads >= 3）
    3_assembly/${sample}_contig.fa \    # target.fa
    ${sample}_R1.fq \          # query.R1.fq
    ${sample}_R2.fq \          # query.R2.fq
    -o ${sample}_aln.sam                 # minimap2比对结果文件

二、samtools view

1. Manual page from samtools-1.15
2. SAM格式详细说明-简书
3. samtools常用命令详解

sam转bam格式

# 将sam文件转换成bam文件
${samtools} view -bS abc.sam > abc.bam
# 等价于
${samtools} view -b -S abc.sam -o abc.bam

• -b： output BAM。默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式
• -S： input is SAM。默认下输入是 BAM 文件，若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。
• -o FILE output file name [stdout]

1. 从bam中提取mapped/unmapped 的序列信息

• 从比对结果文件${sample}_aln.bam中提取匹配上的序列信息，并保存到${sample}_mapped.bam文件

${samtools} view -bF 4 ${sample}_aln.bam > ${sample}_mapped.bam

• 从比对结果文件${sample}_aln.bam中提取没有匹配上的序列信息，并保存到${sample}_unmapped.bam文件

${samtools} view -bf 4 ${sample}_aln.bam > ${sample}_unmapped.bam

• 从比对结果文件${sample}_aln.bam中提取没有 read1和 read2均匹配上的序列信息，并保存到${sample}_all.mapped.bam文件

${samtools} view -bF 12 ${sample}_aln.bam > ${sample}_all.mapped.bam

2. 给予指定的reference文件，将sam转化为bam

sam是序列比对厚度输出格式，包括头部信息（以@开头）和比对信息两部分组成

• Header 信息
  • @HD VN:1.0 SO:unsorted 【排序类型】
    头部区第一行：VN是格式版本；SO表示比对排序的类型，有unknown（default），unsorted，queryname和coordinate几种。samtools软件在进行行排序后不能自动更新bam文件的SO值，而picard却可以。
  • @SQ SN:contig1 LN:9401 【参考序列ID及其长度】
    参考序列名，这些参考序列决定了比对结果sort的顺序，SN是参考序列名；LN是参考序列长度；每个参考序列为一行。
    例如：@SQ SN:NC_000067.6 LN:195471971
  • @RG ID:sample01 【样品基本信息】
    Read Group。1个sample的测序结果为1个Read Group；该sample可以有多个library的测序结果，可以利用bwa mem -R 加上去这些信息。
    例如：@RG ID:ZX1_ID SM:ZX1 LB:PE400 PU:Illumina PL:Miseq
    ID：样品的ID号 SM：样品名 LB：文库名 PU：测序以 PL：测序平台
    这些信息可以在形成sam文件时加入，ID是必须要有的后面是否添加看分析要求
  • @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta7 【比对所使用的软件及版本】
    例如：@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa sampe -a 400 -f ZX1.sam -r @RG ID:ZX1_ID SM:ZX1 LB:PE400 PU:Illumina PL:Miseq …/0_Reference/Reference_Sequence.fa ZX_HQ_clean_R1.fq.sai ZX_HQ_clean_R2.fq.sai …/2_HQData/ZX_HQ_clean_R1.fq …/2_HQData/ZX_HQ_clean_R2.fq
    这里的ID是bwa，PN是bwa，VN是0.7.12-r1039版本。CL可以认为是运行程序@RG是上面RG表示的内容，后面是程序内容，这里的@GR内容是可以自己在运行程序是加入的

sam转bam

(1) sam文件的header包含@SQ ，即sam中包含了reference的信息。

${samtools} view -bS aln.sam > aln.bam

(2) sam文件不包含header或者header不包含@SQ ，即sam中不包含了reference的信息，此时需要提供生成sam文件时使用的reference文件。

${samtools} faidx ref.fa  # 建索引
${samtools} view -bS -t ref.fa.fai aln.sam > aln.bam  # 输出转换结果
# 或者
${samtools} view -bS -T ref.fa aln.sam > aln.bam # 自动建索引，并输出转换结果

ref: 1. 生信：2：sam格式文件解读

2. Manual page from samtools-1.15: samtools-view

3. 从上面minimap2的比对输出文件${sample}_aln.sam文件中，提取未匹配的文件，并保存为bam文件

${samtools} view -bS \
    -T 3_assembly/${sample}_contig.fa \
    -f 4 \
    ${sample}_aln.sam
    > ${sample}_aln.bam

三、samtools fastq

samtools fastq [options] in.bam
将输入的bam文件转化为fastq文件，并将结果保存至指定的输出-1 -2 -o -0-s中.
其对序列的分类依据是序列末尾的READ1 flag和READ2 flag, flag有3类：

• 1 : Only READ1 is set.
• 2 : Only READ2 is set.
• 0 : Either both READ1 and READ2 are set; or neither is set.

对于PE测序reads, 同时指定-1 R1.fq -2 R2.fq -s singleton.fq时，samtools会将 flag1和flag2配对的序列分别输出到-1 -2指定的文件，对于无法匹配的flag 1/2，全部的flag 0 都会保存到-s 指定的文件中。

refs: Manual page from samtools-1.15: samtools fastq

${samtools} fastq -n \
    -1 3_assembly/${sample}_unmapped_R1.fq.gz \
    -2 3_assembly/${sample}_unmapped_R2.fq.gz \
    -s 3_assembly/${sample}_unmapped_singleton.fq.gz \
    ${sample}_aln.bam

四、samtools 给予管道（|）的输入输出 -

samtools旨在处理数据流（stream），
它可以将-作为管道中的标准输入文件（stdin）;
也可以将- 作为管道中的标准输出文件（stdout）.

全部代码

threads=12
sample=A01
minimap2=/software/miniconda2/envs/metadenovo/bin/minimap2
samtools=/software/samtools/samtools-1.8/bin/samtools
## mapping
$minimap2 -ax sr -t ${threads} \
    3_assembly/${sample}_contig.fa \ 
    ${sample}_R1.fq \
    ${sample}_R2.fq | \
${samtools} view -bS -T 3_assembly/${sample}_contig.fa \
    -f 4 - | \
${samtools} fastq -n \
    -1 3_assembly/${sample}_unmapped_R1.fq.gz \
    -2 3_assembly/${sample}_unmapped_R2.fq.gz \
    -s 3_assembly/${sample}_unmapped_singleton.fq.gz -