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使用TBtools提取基因组CDS并转换成蛋白文件

使用TBtools提取基因组CDS并转换成蛋白文件

作者: 纵纵纵小鸮 | 来源:发表于2022-08-09 19:49 被阅读0次

        基因功能注释需要蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,据师兄师弟说gffread提取结果有问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。

    Step1. 根据注释文件提取cds文件

    图源:TBtools GUI 工具使用说明手册-20180905

    得到的cds文件如下:

    step2. 将cds序列转换为蛋白序列

    使用Sequence Toolkit中的 ORF Prediction——> Batch Translate CDS to Protein,这一步要注意的是输入和输出文件路径中不能有中文,否则会报错,我的报错如下:

    更换路径后成功提取,结果文件如下:

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