使用TBtools提取基因组CDS并转换成蛋白文件

作者: 纵纵纵小鸮 | 来源:发表于2022-08-09 19:49 被阅读0次

使用TBtools提取基因组CDS并转换成蛋白文件
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根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep
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python 实战 - 根据已知蛋白名称从基因组提取蛋白序列

基因功能注释需要蛋白文件，有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件，需提取并转换，据师兄师弟说gffread提取结果有问题，可能造成移码等，因此使用TBtools进行提取并转换。

Step1. 根据注释文件提取cds文件

图源：TBtools GUI 工具使用说明手册-20180905

得到的cds文件如下：

step2. 将cds序列转换为蛋白序列

使用Sequence Toolkit中的 ORF Prediction——> Batch Translate CDS to Protein，这一步要注意的是输入和输出文件路径中不能有中文，否则会报错，我的报错如下：

更换路径后成功提取，结果文件如下：

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