使用脚本统计vcf文件中每条染色体变异数目

现在有syri生成的vcf变异文件分布在每个文件夹里，提取每条染色体的变异数目。

脚本：

##首先看看两个vcf文件的染色体分布情况
for ((i=26;i<=33;i++));
do
echo $i
###分开提取
cat ${i}/syri.vcf |grep -v '^#' |cut -f 1 |sort |uniq -c > $i.txt
##或者合在一起
cat ${i}/syri.vcf |grep -v '^#' |cut -f 1 |sort |uniq -c >> a.txt

#cat $i |cut -f 1 | >> a
#paste 26.txt 27.txt 28.txt 29.txt 30.txt 31.txt 32.txt 33.txt  >all
done

使用a.txt 画图，将数据读入R中，

绘制箱型图，

libray(ggplot2)
####数据+映射+绘图
c<-ggplot(b,aes(x=CHR,y=NUM))+geom_boxplot()

###加均值及标准差
c + geom_violin(trim = FALSE) +
  stat_summary(fun.data="mean_sdl", fun.args = list(mult=1),
               geom="pointrange", color = "red")
c

###加颜色
d=c + geom_boxplot(aes(color = CHR))
#或
d=c + geom_boxplot(aes(fill = CHR))

##去边框和底纹
d+theme_bw() +
  theme(panel.grid.major=element_line(colour=NA),
        panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),
        plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),
        panel.grid.minor = element_blank())

哎，写毕业论文去了