conda install gffread
gffread test.gff3 -g genome.fa -x cds.fa -y protein.fa
conda install gffread
gffread test.gff3 -g genome.fa -x cds.fa -y protein.fa
Ref | 根据基因组 fa 文件和 gff 文件提取 cds 并翻译成 pep[https://www.jian...
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没...
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没...
一：数据准备 自己去下载拟南芥的基因组，gff3，CDS序列，pep文件。 1.根据gff文件获得基因位置信息。 ...
一：准备文件 1. 拟南芥的基因组，CDS，蛋白，GFF以及HMM文件。 2.利用HMM文件搜寻pep文件 3.利...
已有基因组序列和gff3文件如何获得相关的cds和pep序列
很多基因组数据库中只有基因组，CDS和蛋白质序列，而没有基因的序列，这就需要我们自己去提取 1. 输入文件 首先我...
python 实战 - 根据已知蛋白名称从基因组提取蛋白序列
MCScanX 使用方法： 首先需要得到物种的蛋白序列以及基因组注释文件：fasta 与 gff 然后通过本地bl...
本文标题：根据基因组gff文件提取cds以及翻译成蛋白序列
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zfaonltx.html
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