Conda 安装常用生信软件

• Conda是目前最流行的 Python 软件管理和环境管理工具，类似于Windows 的应用商店。
• Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda 可以在多个操作系统上（Linux，Mac OS 和 Windows）使用，Conda 允许用户可以从不同的 channels下载所需的软件包，用户也可以自己对 channels源进行配置。
• Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，预装了conda，python，以及众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。Anaconda利用 conda 工具/命令来进行软件包和环境的管理，Anaconda 安装包可以到清华大学开源软件镜像站 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载，也可以到官网https://www.anaconda.com/products/individual下载。
• Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。
• Bioconda是 Conda的一个 channel，专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件。

Anaconda 下载安装和使用（Miniconda方法相同）

# 下载 Anaconda 清华大学开源软件镜像站
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

# 官网地址下载
wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

# Anaconda安装
bash Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh

1. 按enter浏览完协议以后，输入yes同意协议。

2. root用户安装，需要修改安装路径。

• 默认路径安装在 /root/anaconda3 目录下，这样其实普通用户是没有权限访问这个目录的，因此不论怎么设置，普通用户都不能使用 root 下安装的 anaconda版本 python。

root安装Anaconda_接受协议_修改路径.png

• 因此，在root下安装 anaconda时装在 /opt 这个目录下，这个普通用户是能访问的。

• 普通用户登陆后，需要执行 conda init 使 conda的路径等系统环境变量信息写入当前用户的bashrc下。

/opt/anaconda/bin/conda init bash
source ~/.bashrc

非root用户初始化.png 普通用户可以使用root用户的anaconda 安装python版.png

3. Linux安装 anaconda3 提示是否希望安装程序通过运行conda init来初始化Anaconda3?

• 安装Anaconda3是否初始化的区别。

• 选择no 在安装完anaconda后手动配置环境变量。

Anaconda添加环境变量.png

4. 配置环境变量

# 添加到 ~/.bashrc 
export PATH="/opt/software/anaconda3/bin:$PATH"

# 每次手动激活conda base环境
source /opt/software/anaconda3/bin/activate
conda activate base

# 退出 conda base环境，回到系统自动的环境
conda deactivate

# 永久关闭默认启动base
conda config --set auto_activate_base false

# 恢复默认启动base
conda config --set auto_activate_base true

# 查看conda路径
which conda

# 查看python路径
which python

5. 添加channels 先添加的channel优先级靠后，故最后添加清华bioconda源地址，然后是中科大源，最后为官方源。

# 官方通道，最低优先级
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r 
conda config --add channels bioconda

#科大通道
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

# 清华通道, 最高优先级
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

conda config --set show_channel_urls yes

6. Conda使用

## conda自身管理
# 查看conda版本，确保conda已安装
conda --version（-V）
# 更新conda至最新版本，也会更新其它相关包
conda update conda
# 更新所有包
conda update --all
#更新指定的包
conda update <package name> 
# 更新anaconda
conda update anaconda
# 更新python
conda update python

# 查看conda可用的命令
conda -h
# 查看install子命令的帮助
conda install -h

# 显示已有的通道
conda config --get channels
# 查看当前环境下已安装的包
conda list
#查看某个指定环境的已安装包
conda list -n py2

## 通过conda管理软件包
# 搜索需要安装的软件包，获取其完成名字
conda search <package name>
# 安装软件包
conda install <package name> 
# 安装特定版本的软件包
conda install <package name>=版本号
# 更新软件包
conda update <package name>
# 移除软件包
conda remove <package name>
# 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet
conda install -c r r-essentials   
# 安装单个包
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

## 管理环境
# 创建名为env_name的新环境，并在该环境下安装名为 package_name 的包
conda create -n env_name package_name
# 可以指定新环境的版本号，例如：创建python2环境，python版本为2.7，同时还安装了numpy pandas包
conda create -n python2 python=2 numpy pandas
# 激活 python2环境，通过python -V可以看到是python2.7
conda activate python2
# python2 环境中安装相关包
conda install pandas
# 退出 python2 环境
conda deactivate
# 删除环境
conda remove -n env_name --all
# 查看当前存在的虚拟环境
conda env list
conda info -e