在长期的对外扩张中，德国王室无暇内顾，国内封建主的势力增长，导致了皇权的衰落，因此，十三世纪中叶以后，德意志长期处于分裂割据状态，各个地方的诸侯争权夺利，混战不休。从1254年到1273年，国家进入可怕的空位时期。此时的德意志以分崩离析，由三名教会诸侯和四位世俗诸侯组成的选帝侯控制了皇帝的选举权，遏制了中央权力。帝国的君主政体改为贵族联邦政体，中央集权已经不复存在。
大空位时代：
公元1211年腓特烈二世即位为德意志皇帝，他在位期间，对德意志诸侯做了很多重大的让步，诸侯们在自己的领土上享有很高的自治权，权力更加显赫。公元1250年十二月十三日，腓特烈二世去世，其子康拉德四世即位，当腓特烈二世于1250年去世时，他把西西里和德意志交给康拉德统治。年轻的国王像他父亲一样受到教皇的威胁；教廷的目标是尽一切力量把霍亨斯陶芬家族的势力逐出意大利（有可能的话也赶出德国去）。因此，康拉德四世的统治必然充满了与教皇无休无止的争斗。
1251年，康拉德四世第一次入侵意大利，但没能实现清除那里的教皇支持者的目标；实际上，那是不可能的。作为报复，教皇英诺森四世废黜了他的西西里王位，并于1253年把它授予英格兰王子埃德蒙他是英格兰国王亨利三世之子。他在西西里的地位由于1253年10月攻占那不勒斯而得到巩固，但他与教廷取得和解的努力未能奏效。
1254年，英诺森四世将康拉德四世处以绝罚，这几乎等于断送了他的政治生命。但是就在同年康拉德四世死于热病，而英诺森四世也去世了。他的儿子康拉丁继续了与教廷势力的斗争，直到被彻底击败并死于非命为止。
康拉德去世后到公元1272年，德意志出现了将近二十年的大空位时代。1268年，康拉丁被斩首，标志着霍亨斯陶芬王朝的终结。
到了1273年，在世俗诸侯和教会诸侯的帮助下，哈布斯堡的鲁道夫一世打败了波西米亚国王奥托卡二世，登上皇位，结束了德意志历史上的“皇位空闲时期”。这位五十五岁的皇帝，在位期间，致力于扩大王室领地的势力，促使哈布斯堡王室成为德意志最重要的家族之一。到了1298年，鲁道夫之子阿尔伯莱希特被选为皇帝，之后，德意志皇位相继落入卢森堡和巴伐利亚家族手中。
诸侯割据时代
公元1312年，亨利七世加冕为神圣罗马帝国皇帝，在此之前的1308年，他已经被推选成为卢森堡王朝的第一位德意志国王。
亨利七世是卢森堡王朝的第一位德意志国王，他在1310年进入意大利，1312年在罗马由教皇正式加冕成为神圣罗马帝国的皇帝。许多意大利志士都希望亨利七世能领到四分五裂的意大利实现统一，但是它实际上是要恢复封建领主在意大利的权力。这一行为导致了许多商业城市反对他，最终亨利七世没有取得重要的成果。
亨利七世去世之后，路易四世即位。1327年，路易四世加冕为意大利国王。1328年他从罗马贵族而不是教皇手中接受了神圣罗马帝国的皇冠。他甚至册立一名敌对教皇：尼古拉五世。当教皇企图对他施以绝罚时，德意志选侯通过决议，规定德意志国王的选举无须经教皇批准（1338年）。路易四世在国内竭力扩大了自己家族的领地。
1346年，当路易四世还在世时，一些选侯在教皇克莱孟六世支持下选出了新国王，卢森堡家族的查理四世。路易四世的合法性受到质疑。然而当路易准备与查理四世开战时，他在慕尼黑去世。
1355年，查理四世加冕成为神圣罗马帝国的皇帝，他在位时期进一步向“选帝侯”妥协
选帝侯：在皇权孱弱的形势下，德意志许多诸侯和自由城市的权力与日俱增。与此同时著名的七大诸侯开始垄断皇帝的选举权。为了保护自己的权益，避免强大的王权出现，这些诸侯往往选举小邦诸侯当皇帝，封建诸侯遏制王权的形式已成定局。
在1356年，查理四世颁布《黄金诏书》，正式从法律上确立“选帝侯”对皇帝选举的特权。
黄金招数内容可分为五块：
一：皇帝由当时权势最大的七个选帝侯在法兰克福城选举产生。
二：选举会议由美因茨大主教召集并主持，神圣罗马帝国皇帝不再需要罗马教皇的认可。
三：世俗选帝侯由长子继承，领地不可分割。
四：选帝侯在其领地内政治独立，拥有征税、铸币、盐、铁矿开采等国家主权，以及最高司法裁判权。
五：选帝侯拥有监督帝国的新职权。
《黄金诏书》从法律上确认了七大诸侯选举皇帝的特权，从此皇帝完全丧失了政治集权的可能性。这种制度一直到拿破仑下令神圣罗马帝国正式解散才被废除，一共延续了四百五十年。
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