circRNA

====== Complementary Sequence-mediated Exon Circularization =====

====Intronduction：====

早在几十年前，生物学家们就发现了环状RNA（circRNA）。环状RNA呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响不易降解，比线性RNA稳定得多。随着二代测序的发展，人们逐渐意识到环状RNA其实是非常普遍的。这些分子广泛存在于多种生物的细胞中，从古生菌、酵母、小鼠到人类。

环状RNA通常表达水平比较低，具有miRNA吸附作用，由外显子选择性反向剪切形成，不具有polyA尾巴。环状RNA的生成机制主要有两种模型：套索驱动的环化和内含子配对驱动的环化。这项研究为内含子配对驱动环化提供了有力支持，证实是内含子的互补序列介导了外显子环化，生成的选择性环化产物进一步扩大了哺乳动物转录后调控的复杂性。

====Pipeline:====

====Result：====

将CIRCexplorer这个工具用于不同的细胞系，不同的物种去筛选circRNA，选择backspliced site 有至少1个read支持的circRNA进行结构注释，再对backspliced site 有至少5个read支持的circRNA的侧翼intron区域进行结构注释。

CIRCexplorer这个工具巧妙的用fusion gene检测circRNA。 首先，过滤出Tophat无法mapping上的reads，再把这些reads用Tophat-Fusion mapping到基因组上。那些用Tophat-Fusion mapping到基因组上的非线性候选位置的reads就是潜在的back-splied juction reads。 接下来，这些reads会在有基因注释的帮助下，确定更加精确的donor, acceptor位置。 最后，对circular RNA进行注释。

这篇文章还介绍了在intron区域的 反向重复Alu序列 是引起circRNA形成的一个原因（即“内含子配对驱动环化”（intron-pair-driven circularization）模型，这些序列在跨越外显子的内含子区间上可以形成互补序列，所以在转录过程中容易形成茎环结构。环的部分就是外显子，然后在剪接酶的参与下，被剪接成了环形。另外，circRNA也存在很多的 可变环形结构 ，这也是由于在基因组中广泛存在的内含子上的Alu序列造成的，不同的Alu序列互补，形成含有不同exon的环形结构。不同的互补的Alu序列竞争性剪切，导致circRNA的形成。

====Mainpoint：====

===1.RNase 对circRNA有富集效应===

===2.RNase 会使some long length circRNA 降解===

===3.IRAlus 促进外显子环化===

===4.重复序列促进外显子环化===

===5. 不同的互补的Alu序列竞争性剪切，导致circRNA的形成===

===6.circRNA结构注释===

===7.circRNA侧翼序列结构注释===

====Quotable Experiences：====

===1.统计每个来源基因形成不同circRNA的个数===

===2.统计每个circRNA的exon,intron个数，绘制箱线图===

===3.统计read count >5 的circRNA侧翼重复序列的个数，绘制箱线图===

===4.统计离back splice位点与最近的IRALUS的距离===