BSA分析（七）Mutmap

mutmap 分析

• 数据准备：野生型亲本、突变混池、参考基因组

使用 MutMap 软件自动进行 mutmap 分析

mutmap -r genome.fa \ # 参考基因组
-b S1_1.fastq.gz,S1_2.fastq.gz \ # 混池数据
-c S2_1.fastq.gz,S2_2.fastq.gz \ # 亲本数据
-n 20 \ # 混池样本个数
-t 5 \ # 线程数
-o mutmap_dir # 输出目录

分步进行 mutmap 分析

1.构建基因组index
2.两组数据分别进行比对
3.变异检测
4.变异过滤
5.变异注释
6.mutmap 分析
前五个步骤在上一篇推文中已经跑过，大家可自行查看，这里只演示第六步

vcf=all.final.vcf
## mutmap分析
mutplot \
--vcf $vcf \
--out ./ \
--N-bulk 20 \ # 混池样本个数
--window 2000 --step 10 \ #指定窗口和步长大小
--min-depth 4 --max-depth 100 \ #设置测序深度的范围
--N-rep 1000 \ # 计算阈值时的重复次数，默认5000
--min-SNPindex 0.3 \ # 去除0.3以下的SNPindex
--format pdf