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学习小组Day3笔记--小明

学习小组Day3笔记--小明

作者: knightxm | 来源:发表于2020-04-04 15:58 被阅读0次

    今天学习了linux环境下的软件安装。

    • 1、了解linux的应用商店:conda
      conda是大Boss,最初为管理python包而建立,它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。anaconda是总管,职务比conda低,但干的活不少,也是个有内涵的家伙。miniconda是区域经理,说白了就是干事的,而且比较专一,主要负责生信领域。
    • 2、下载Miniconda
      百度/谷歌搜索“miniconda 清华”(是清华的conda镜像网站),网址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,根据服务器的版本下载对应版本。可以在服务器中输入命令uname -a查看。
    • 3、安装和配置Miniconda
      登陆服务器,进入biosoft目录,输入命令wget 下载链接(如wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh),回车,安装包就下载好了。
      输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ,回车,进行软件安装。然后就开始了安装过程,中间会出现很多的版权信息,按回车跳过它们
      当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了【注意看下图的操作,程序让你enter就enter,让你yes就yes】
      安装成功
      还需要输入命令 source ~/.bashrc 来激活conda。
      激活成功
      安装有问题,可以参考演示视频【无声版】
      链接:https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码:iwcd4k
      所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度
      把下面的代码全部复制到命令行,粘贴、回车
      镜像网站
    • 4、使用Miniconda,即查看已安装的软件、搜索、安装、卸载(生信需要的)软件
    • (1)输入命令 conda list:查看当前所有软件列表
    • (2)输入命令 conda search 软件名称:搜索软件
    • (3)输入命令 conda install 软件名称 -y:自动安装软件【加上-y是自动安装】
    • (4)输入命令 conda remove 软件名称 -y:卸载软件
      小结:今天安装和配置Miniconda软件的时候出现了一种问题: 问题
      原来是有一个地方写成了No。 错误位置
      解决方法:输入命令cd,重新返回到主目录;输入命令rm -r biosoft,删除文件biosoft;输入命令mkdir biosoft,新建biosoft文件;输入命令 cd biosoft,进入biosoft文件,最后重新下载安装Miniconda即可。

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