学习小组Day3笔记--韧

作者: 韧_7e6f | 来源:发表于2020-04-04 20:05 被阅读0次

linux环境下的软件安装---miniconda

1. conda

conda分为anaconda和miniconda两种。anaconda是包含一些常用包的版本;miniconda则是精简版,需要啥装啥,推荐用miniconda。

2. miniconda的下载/安装/激活

2.1 下载

mkdir biosoft
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.2 安装

  • 在biosoft目录下,输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,enter即可。
  • 中间多步enter,下面两个地方(>>>)均输入yes
    1yes
    2yes
  • 出现Thank you for installing Miniconda3!,即安装成功
    2yes 处,输入yes,后续才能激活成功
  • 如果安装失败,则在主目录下,删除miniconda3目录,执行命令rm_r miniconda3,再进入biosoft目录,重新安装。

2.3 激活

先回到主目录下,输入source ~/.bashrc,enter后激活,再输入conda,查看激活成功与否。如出现下图则成功。

image.png

上述步骤可以参考链接:https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码:iwcd4k

3. 添加镜像

直接复制下面代码,粘贴(单击右键)、回车

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

4 conda的使用

command
  • 查看所有软件列表: conda list
  • 搜索软件:conda search fastqc(以fastqc为例)
  • 安装软件:conda install fastqc -y
    (-y,是自动安装,不指定版本则默认最新的;想要指定版本fastqc=0.11.8)
  • 卸载软件:conda remove fastqc -y

5 conda环境

5.1 含义

conda env, 来自微信公众号生信星球

5.2 创建环境

  • 查看当前环境:conda info --envs
  • 创建新环境:conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    建立一个名叫rnaseq的conda环境,指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
    (+ 再查看当前环境:conda info --envs,发现多了一个环境,但默认环境还是base(即*处))
  • 激活新环境:conda activate rna-seq,再查看时,即发现*处于rna-seq的新环境处。
    image.png
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结语

今日学习和认识了conda,离生信分析又近了一步,继续加油。

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