生信入门学习笔记day3@2021.06.28

Linux环境下软件的安装与使用

1. Linux软件商店Miniconda3的安装

• Miniconda的意义 --- Linux生信分析软件的商店

  
  conda.png

2. Miniconda 获取与安装

• xshell 登录服务器
• 安装步骤
  (1) bing检索 tsinghua镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-s390x.sh
  cd biosoftware #进入设定安装目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-s390x.sh #下载到本地
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc #激活conda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

3. 使用Conda

• 查看当前服务器安装的所有软件列表
  conda list
• 安装软件fastqc
  conda install fastqc -y #-y同意安装过程中问题
conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本号的fastqc
• 确认fastqc安装是否成功
  fastqc --help #是否可以显示帮助文档
• 卸载软件
  conda remove fastqc -y

4. 需要理解的内容

• conda环境
  conda info --envs #查看当前conda环境
• 创建conda环境
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建rna-seq的conda环境，指定python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic
• 查看conda环境
• 激活新的conda环境
  conda activate rna-seq #观察默认环境*的位置
  在此环境下可以运行安装的fastqc、trimmomatic软件
• 退出环境
  conda deactivate #退出当前conda环境

总结

conda.png