写在“写在前面”的前面
有一句名言说得特别好，这里必须分享！
“如果你经常需要花费超过三秒钟去完成一个简单的事情，那么说明，你没用对工具。--- CJ”。
写在前面
《-零命令行-生信下游数据分析》的第二帖主题，定为序列操作。
或许，所有做生物数据的朋友都躲不过的，就是序列操作。尤其是做分子生物学实验的朋友，相信早已有自己熟悉的一款软件。但是，这篇推文会提供一个我最爱不释手也自认为最方便的序列操作姿势，之所以这个姿势我这么推荐，主要原因是，真（shi）的（wo）很（xie）快（de）。
掌握了这个姿势，或许你可以为你以往的每一次序列操作节省几秒钟（尤其是在使用网页工具时候，你会觉得这个时间更长）。接下来，你可能需要浪费30秒的时间读完本文这篇 10秒 教程。
10秒掌握新操作
掌握姿势的第一步，打开TBtools。
image.png
你需要打开对应的工具，“Sequence Toolkits => jFasta Tools => Fasta Manipulator”
image.png
那么你会得到这个
image.png
要完成接下来的演示，我们可能需要一个序列。
清理非序列字符
于是，我找到了NCBI，比如我需要这条序列
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/HM236375.2
image.png
于是你可能可以这样
image.png
于是，我们有了序列作为示例，我们可以做很多有趣的事情
改变大小写
颜值很重要，大写更容易看明白
image.png
修改每行碱基数目
每行序列太多了，看着不舒服，可以修改为50，（反之，也可以直接修改为1000000...，那么整个序列就只有一条）
image.png
取序列的反向互补
这个操作，可能才是最多人需要用的
image.png
速度太快，我很感动
小众需求，转成RNA序列
现在的课题组做RNA层面的研究比较多，有时候，需要用到RNA序列，于是
image.png
讲完了
那么Refresh摁钮有啥用？其实就是放着觉得舒服，有时候，点一点会舒服很多，比如不喜欢摁回车的时候
补充一点
以上都是单个小序列的，那么多个序列呢？
这种情况下，你可能需要输入Fasta格式（相信大家都知道是啥格式....），正如下图
image.png
所以，当你有大量序列的时候，也就可以....
批量反向互补或者其他
写在最后
每一个人，都应该找到最适合自己的方式去做事情。处理数据这个事情上，可选的操作有很多，可以自己写脚本，可以用网页用具，本地的命令行工具，或者本地的界面化工具。而一个真正意义的工具，应该是让你在最短的时间完成最漂亮的工作。
使用TBtools，加速你的操作，节省你的时间，享受你的生活。
image.png
网友评论