chapter55 二代测序的重复序列

二代测序中，重复序列有两种来源：

1.样本自身的重复序列。由于样本序列自身存在多个重复引起，比如RNA-seq由于逆转录而得到的重复序列。
2.复制的拷贝。在建库过程中由于PCR产生的拷贝数变化，应该被移除。

检测方法

1.序列一致性。发现相同的序列并移除。
2.比对一致性。需要知道参考基因组，当两条序列必对完全相同时，加以移除。

应该移除重复吗？

对于SNP检测和基因组变异分析，应该移除，其他实验大都不需要。
若需移除，则应说明其中不含有样本自身的重复序列。

FastQC duplicate解读

其中，蓝线表示该位置重复序列的总数，红线表示该位置非重复序列的综述。
两者高度差表示该位置，重复的多少。