1，我有两段序列，一段是基因组提取出来的CDS序列，一段是PCR出来的测序的序列，我们需要将它们比对，看看有没有碱基的变化。这时候就需要用到Bioedit软件了。首先，将两端待比对的序列，放到记事本中，要fasta格式，做个例子，如下：
2，选中全部，CTRL+C，先复制。再打开Bioedit软件，File>New Alignment，再File>Import FromClipboard，就出来这样的画面了。
3，再选中两条序列，点Accessory Application的ClustalW Multiplealignment。
4，弹出这样一个界面，勾选后，点击Run ClustalW，再点OK。
5，点一下那个按钮，相同碱基的就会变成点，不同的碱基就会显示出来，和CDS序列比对，PCR测序的序列发生了两个点突变。有时候测序的序列需要反向互补，则选中序列，用“ctrl+shift+R”，如果要翻译序列则是“ctrl+T”。
6，最后，感谢我美丽的吴师姐教导~
在R中读入序列，并得到反向、互补或反向互补序列。
序列比对：将测序reads与已知序列信息的基因或基因组进行比对，比对结果格式比较常见的是sam和bam文件。sam...
使用shell求DNA序列的反向序列： 使用Shell 求 DNA 的互补序列： 使用 Shell 求DNA反向互...
整理高通量测序中使用的软件。 比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进...
蛋白结构分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化：Jcat 核酸翻译为蛋白：Translate 序列比对和搜索：...
1.获取给定DNA序列的反向互补序列: 思路：从一个文件中导入序列，然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。先定义...
和长序列比对不同，短序列比对有其自身的特点与应用。 就是将测序的reads 重新定位到基因组上，这个过程也叫做回帖...
甲基化测序分析流程 对参考基因组和reads进行预处理-将C全部替换为T-将序列反向互补，G替换为A 将预处理后的...
最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Mu...
序列比对和序列特征分析总目录 多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tool...
本文标题：Bioedit软件做测序后的序列比对和序列的反向互补与翻译
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/zlyrrdtx.html
网友评论