序列拼接软件stampy的安装及相关问题解决

序列拼接软件stampy的安装及相关问题解决

需要gsl依赖，。
进入官网，填写邮箱，等压缩包
解压缩，
然后make
异常，出现了/usr/bin/ld: cannot find -lpython2.7
解决方法

sudo ln -s /home/train/anaconda3/envs/fcx/lib/python2.7/config/libpython2.7.a /usr/lib/#创建软连
echo 'PATH=$PATH:/home/train/Biosoft/stampy-1.0.21/' >> ~/.bashrc#配置环境
source ~/.bashrc

结果执行时又出现了权限不允许

(fcx2.7) [train@train stampy-1.0.32]$ ./stampy.py
-bash: ./stampy.py: Permission denied

使用sudo命令，还是不行

(fcx2.7) [train@train stampy-1.0.32]$ sudo ./stampy.py
[sudo] password for train:
sudo: ./stampy.py: command not found

后来想了想，用python查看是否安装正确

(fcx2.7) [train@train stampy-1.0.32]$ python stampy.py
stampy v1.0.32 (r3761), <gerton.lunter@well.ox.ac.uk>

Usage: stampy.py [options] [.fa files]
....

可见安装正确，改一下权限就行

(fcx2.7) [train@train stampy-1.0.32]$chmod +x stampy.py #改权限
(fcx2.7) [train@train stampy-1.0.32]$ ./stampy.py

stampy v1.0.32 (r3761), <gerton.lunter@well.ox.ac.uk>