circos简介

circos 使用简介：

1.数据的准备

circos画图的数据都又固定的格式，一般我们要提前处理好我们的数据；

Scatter Plots、Line Plots、Histograms、Heatmaps数据数据格式：chr start end value

2.配置文件的准备：

配置语法：变量名 = 变量值

主要的配置块：

housekeeping.conf：基本框架配置，circos必不可少的配置文件，一般直接导入即可。
fonts.conf：字体配置文件，其中，代表字体的标签与circos/fonts文件夹下的otf或ttf文件一一对应。
patterns.conf：模式配置文件，其中，标签与circos/tites文件夹下的png文件一一对应，然后根据patterns.svg.conf生成相应的svg文件。
colors.conf：颜色配置文件，导入了colors.brewer.conf、 colors.hsv.conf和colors.ucsc.conf。在circos中，颜色除了绝对路径，还有很多表达方式，
如hs1，red， reds-9-seq-1等，是因为这些字符在colors配置文件中已经赋予了特定的绝对路径。
image.conf：对image大小、背景颜色、输出目录、输出文件形式以及染色体在圆周上的起始位置等进行设置。
ideogram.conf：最常用到的配置块之一，染色体展示的配置文件，包括是否展示bands，染色体展示位置、染色体间距离、染色体标签位置等。

染色体数据在哪？画哪一些？后面实例中有说明，这里是简单介绍配置文件的作用。

ticks.conf：最常用到的配置块之一，刻度标签配置文件，可以导入到ideogram.conf中，也可以直接导入到主配置文件中。

上述提到的配置文件，都可以在主配置文件（circos.cof）中导入。

主配置文件可以用<<include xxx.conf>>来导入，这样在主配置文件中就不必再对xxx.conf文件中的变量进行定义了。

如此一来，既可以使这些重要配置文件得以重复利用，也大大简化了主配置文件。

现在讲解2个常用配置块ideogram.conf 和ticks.conf

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接着是主配置文件circos.conf

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最后就是运行主配置文产生图形：
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核心配置块，就是主配置文件中用于画图的<plots>；用于设置画图的类型，也可以指定画图的背景色（，相当于局部变量，只针对这一圈的图形）

核心配置块：有两种设置方式，一种是以<plots></plots>是方式，用变量设置type=highlight，实例是<plot></plot>；

另外一种是以<highlights></highlights>配置块来设置，实例是<highlight></highlight>。

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