2021-03-07

测序fa文件里的序列：

sam文件里的序列：

sam序列=reference文件序列，不管正负，都是一个顺序的序列，这个是在IGV里验证的

1 1

测序的fa文件：

1 2

将图1末尾反向取补，可知是CACTGGCC，能在图2处对上，确实fa是有一条反向互补的，

图1又有和sam的第三条完全一样，而图2的逆序互补和sam的第四条一致，由此，sam是同方向的，fa是反向互补的，唯一不知道的为什么fa不是U而是T，而且fa的一条序列和参考基因组一致。

因此，顺序比对到基因组的那个序列，start=5’

逆序的需要知道它的start指的是什么，

经过IGV的观察，和原本的方向无关，和比对到正向还是反向无关，只要是start小的就是5‘  start大的+length就是3’

因此将脚本改到V11，忽略比对到intron的过程，改为只看start大的，加上比对长度得到end，end为bp。

跑完是能得出结果

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命令：

python filter_for_cirregion_v11.py -i ../one_pair_SRR6999003_mapped.bam -o ./one_pair_filter_result.sam -g /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/SRR6999003_mapped.bam.sort -O ./one_pair_filter_gff.gff

但是是print标准输出，v12改为重定向到文件，重定向后可以输出bed和gff两种格式。

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命令：python filter_for_cirregion_v12.py -i ../one_pair_SRR6999003_mapped.bam -o ./one_pair_filter_result.sam -g /mnt/x110/wus/BP_new/BWA_mapping/dingh/SRR6999003_mapped.bam.sort --gff ./one_pair_filter_gff.gff --bed ./one_pair_filter_bed.bed