Linux环境下的软件安装

开始前的准备工作

bzip2 的检测及安装

bzip2 是一个压缩命令，相当于压缩软件，免费的阿里云里面没有，所以需要自己安装
- 首先检测 bzip2 到底存不存在于你的系统里
  具体做法是输入 bzip2，有的话会显示，没有的话则会报错 command not found
  下图中，在输入 bzip2 后，显示 command not found，说明没有发现 bzip2
- bzip2 的安装
  具体做法是输入 yum install -y bzip2，出现 complete！则说明安装完成
  下图中，在输入 yum install -y bzip2 后，显示 Installed：bzip2. x86_64 0:1.0.6-13.e17 Completed!，表明安装完成

软件管理 conda--“linux的应用商店”

conda 的作用就相当于App store，是目前已知最好用的软件下载器，这里使用它的精华版--miniconda
- miniconda 的下载
  - 百度“miniconda”=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制链接地址
  - 登陆服务器，进入biosoft目录（cd biosoft）
  - 使用 “wget” 命令，具体做法是输入 wget+刚才复制的链接地址
    PS：需要注意的是在 lunix 系统中，复制、粘贴不是通过 Control+c/v 来完成的，而是直接通过鼠标的左右键单击来完成的，所以粘贴是直接点鼠标右键。。。
    下图中，在输入 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 之后（网址就是之前复制的 miniconda 下载地址），出现 100% ====> 进度条，说明下载完成
- miniconda的安装
  - 输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，意为运行 miniconda 这个刚才下载的安装脚本
    在输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh后，显示 “Miniconda End User License Agreement” ，表明同意安装
  - 之后就是非常非常长的安装声明条款，不停地按 Enter 直到出现 “Do you accept the license terms?”，输入“yes”
    PS：如果没有输入 yes/no，就会一直提示
  - “yes” 输入后，系统提示将要开始安装
  - 点击 “Enter”，开始自动安装，安装结束后输入 “yes”
  - 出现 “Thank you for installing Miniconda3!”，说明安装成功
  - 安装结束后，输入 source ~/.bashrc 命令对 conda 进行激活，激活后输入 conda，出现满屏的信息说明成功了（如下图所示），出现一行简短的报错说明挂了。。。
    PS：失败了的话就只好将miniconda这个目录删除，然后从头来过。。。
- 添加国内镜像
  - 添加国内镜像的目的在于：加快软件下载速度（因为conda是国外的软件管理器，不添加会自动默认从国外网站下载）
  - 将这些镜像一行一行输入
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
- Conda的使用
  - 查看当前所有软件列表
    输入命令 conda list，屏幕上自动显示当前已有的全部软件列表
  - 搜索软件
    输入命令 conda search+软件名称，屏幕上会显示搜索结果，即各个版本的你输入名称的软件（如果有的话）
    下图中，在输入 conda search fastqc 之后，出现了大量关于 fastqc 的信息，表明搜索到了软件 fastqc
  - 安装软件
    输入命令 conda install +软件名称+ -y，“-y”表示自动，这里意为自动安装
    安装默认最新版本，如果要指定版本号，可以输入 conda install 软件名称=版本号+ -y
    下图中，在输入 conda install fastqc=0.11.7 -y 之后，就自动安装了0.11.7版本的 fastqc 软件
  - 卸载软件
    输入命令 conda remove +软件名称+ -y，“-y”的作用和上面一样，不过这里变成了自动删除