Shiny入门

R shiny

官方教程在：https://shiny.rstudio.com/tutorial/

代码海洋上的ShinyOmics:https://codeocean.com/capsule/6605476/tree 这是我最近在代码海洋codeocean网站上找到的，可以作为解析shiny的范本，不过它的server和ui是分别包装的（问题不大）

代码海洋上有很多不同学科方向的一些paper的示例代码，有的paper比如nature communication上的会把代码公开在上面。

另外我强烈推荐一个粉红色系的小工具：https://www.researcher-app.com/paper/4803052 它可以跟踪你感兴趣学科方向的paper

如果对用R爬取高通量数据感兴趣，可以看看最近发布在预印本上的新款R包：SpiderSeqR: an R package for crawling the web of high-throughput multi-omic data repositories for data-sets and annotation我打算有时间把这两个项目自己操作一遍

Structure of a Shiny App

主要的脚本文件app.R包含的要素有：

• a user interface object 一个用户交互界面
• a server function 包装了所有动态展示数据的函数
• a call to the shinyApp function 调用自己的app

用户交互界面：The user interface (ui) object controls the layout and appearance of your app

server是一个函数，用来构建app。ui和server可以写在一个脚本里面

我们可以从shiny包自带的示例文件里面查看其构成：

library(shiny)
runExample("01_hello")

其中ui的代码是这样的

library(shiny)

# Define UI for app that draws a histogram ----
ui <- fluidPage(

  # App title ----
  titlePanel("Hello Shiny!"),

  # Sidebar layout with input and output definitions ----
  sidebarLayout(

    # Sidebar panel for inputs ----
    sidebarPanel(

      # Input: Slider for the number of bins ----
      sliderInput(inputId = "bins",
                  label = "Number of bins:",
                  min = 1,
                  max = 50,
                  value = 30)

    ),

    # Main panel for displaying outputs ----
    mainPanel(

      # Output: Histogram ----
      plotOutput(outputId = "distPlot")

    )
  )
)

一个完整的shiny代码结构如下：开头需要载入shiny包，结尾需要call一下shinyApp这个函数

library(shiny)

# See above for the definitions of ui and server
ui <- ...

server <- ...

shinyApp(ui = ui, server = server)

Running an App

建议每个app.R文件放在一个新建的目录里，方便调用：

library(shiny)
runApp("my_app")

这里my_app是app.R文件所在目录的路径，runApp这个函数和read.csv, read.table等函数类似。之前用的runExample("01_hello")说明有一个系统目录叫做01_hello，所以我们可以直接调用这个目录下的app代码

这里我把example的app.R代码拷贝到自己的my_app目录下，并修改了bins的最小值为5，bins的颜色为orange:

helloworld.jpg

默认的展示是“normal” mode，之前的example中因为是showcase mode所以可以顺便显示出app.R的代码

如果需要改成 showcase mode，可以修改一下函数的参数：

runApp("App-1", display.mode = "showcase")

如果需要调用app，除了可以用函数runApp("my_app")以外，还可以打开app.R脚本，编辑界面右上方有run app的按钮：

Run app button

不仅如此，点击下拉选项，还可以选择用新的studio窗口打开还是在浏览器里打开。

总的来说，创建一个R shiny分为以下几步：

• Make a directory named myapp/ for your app.
• Save your app.R script inside that directory.
• Launch the app with runApp or RStudio’s keyboard shortcuts.
• Exit the Shiny app by clicking escape.

Go Further

需要创建新的属于自己的app的话，可以考虑修改已有的app模板：

runExample("01_hello")      # a histogram
runExample("02_text")       # tables and data frames
runExample("03_reactivity") # a reactive expression
runExample("04_mpg")        # global variables
runExample("05_sliders")    # slider bars
runExample("06_tabsets")    # tabbed panels
runExample("07_widgets")    # help text and submit buttons
runExample("08_html")       # Shiny app built from HTML
runExample("09_upload")     # file upload wizard
runExample("10_download")   # file download wizard
runExample("11_timer")      # an automated timer

更多的模板可以在Galley找到很多

下面这个就是代码海洋上的shinyOmics，数据组织得非常好，找到项目以后，copy到自己的仓库里面，可以运行可以修改（不过运行容易出bug，建议把仓库的代码和数据完整下到本地自己捣鼓一下）

copy_shinyOmics.jpg