空间转录组测序技术追踪-第二期

空间转录组测序技术追踪-第二期：基本原理

        我们先利用Spatial Transcriptomics公司的原产品大概了解一下空间转录组的基本原理：

引自：https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

        首先，将OCT包埋的组织切片放置于空间转录组芯片上，然后需要对组织进行H&E染色和拍照，以便记录组织的原始图像信息。

引自：https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

        空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，如图中的ID1、ID2、ID3，每个spot中的捕获序列由独特的Barcode标记，用于区分转录本表达的原始位置。

引自：https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

        芯片上还有可视化的框架，能够定位组织的位置，以便在后续处理时，能够将组织染色拍照的图像，与基因表达的数据相整合。

引自：https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

        然后，将放置在芯片上的组织切片进行固定，并用透化试剂进行处理，使细胞膜上出现孔洞，从而释放出细胞中所含的RNA。捕获序列的上末端为Poly-T的结构，能够与mRNA序列3'短PolyA结构发生互补，从而捕获细胞中漏出的mRNA，并能够以此为引物进行反转录，形成cDNA。

引自：https://spatialtranscriptomics.com/workflow/

        最后，将cDNA和RNA杂交的序列，从芯片上切割下来，进行后续的cDNA合成和文库构建，以及上机测序。

        那么以上就是空间转录组技术最最基本的简单易懂的原理了，实际的实验处理和需要准备的材料过程远比这复杂的多，为了帮助大家理解，我会逐步细化和深入解析该技术的细节，敬请期待~

「2019年10月27日 ·北京」