2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表

作者: kke_wang | 来源:发表于2021-11-06 16:45 被阅读0次

2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表
mysql库信息展示
05.两组比较_基因集分数添加显著性
Monocle2包学习笔记（四）：Differential Ex
视图约束
在热图中标注出特定基因的名称
如何给热图heatmap添加指定的标签？
circos 可视化手册-tile 篇
嵌套Venn图的绘制（R语言）
好友教我如何在家做副业赚点零化钱

在某篇文献里面看到这样的图片，想在自己的图里也展示一些marker基因的表达
去monocle的官网上查了一圈，都没有看到此功能

因此，决定自己画一下
首先，我们需要分析一下monocle的原理，看看它是利用怎样的数据来绘制的图
然后我们再根据需要的数据来自己把这样的数据组装起来，最后把做好的数据传进monocle接口

exprData <- cds@assayData$exprs
exprData <- LogNormalize(exprData) #对数据normaliza一下，会比较显著，记得引用seurat包
cds$Postn <- exprData["Postn",] #输入想看的基因，cds是monocle的对象
p<-plot_cell_trajectory(cds, color_by = "Postn",cell_size=1,show_backbone=TRUE)
p + scale_color_viridis_c() #为了让颜色好看

2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表
在某篇文献里面看到这样的图片，想在自己的图里也展示一些marker基因的表达去monocle的官网上查了一圈，都没...
mysql库信息展示
展示所有表名/注释展示单个表里所有字段信息索引
05.两组比较_基因集分数添加显著性
今天的图较简单，在展示基因表达以及基因集分数时，较为常见。图中横轴表示细胞类型，并且根据不同组别分开；纵轴表示通...
Monocle2包学习笔记（四）：Differential Ex
差异基因表达分析是RNA-Seq实验中的常见任务，Monocle2可以帮助我们找到在不同组细胞之间差异表达的基因，...
视图约束
视图简单视图：单个表复杂视图：表中包含着各种函数连接视图：视图中牵扯到多个表创建视图：create vie...
在热图中标注出特定基因的名称
对于基因的差异表达谱，常用热图作为展示。但有时差异基因可能非常的多，热图中不可能将所有基因的名称标注出来。那么此时...
如何给热图heatmap添加指定的标签？
当我们画热图（heatmap）的时候，如果基因的名字比较多的时候，在热图中展示的话，就会出现名字重叠的情况，针对这...
circos 可视化手册-tile 篇
tile用来展示基因组上区域的分布，和之前介绍过的highlight不同，这些区域在图中并不是位于同一层的。为了避...
嵌套Venn图的绘制（R语言）
如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩（Venn）图是常见统计图之一，用于展示各样本（或分组...
好友教我如何在家做副业赚点零化钱
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