细胞器基因组的在线基因注释网站

在组装完成细胞器基因组之后，需要对基因进行注释。

推荐的网站有：

 Geseq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html

可用于对细胞器基因组进行基因注释，尤其是植物质体基因组。

点击Upload File(s)，上传要注释的fasta格式的文件。

选择文件是环形（circular）还是线性（linear）；

选择文件的类型（sequence source）:植物的质体基因组Plastid(land plants)、藻类的质体基因组Plastid（algae）、线粒体基因组（Mitochondrial);

 MITOS http://mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py

注释动物线粒体基因组推荐用mitos

References选项中有:

Fungi（真菌）、Metazoa（后生生物）、Opisthokonta（后鞭毛生物）

Genetic code选项中有：

2 Vertebate（脊椎动物）、4 Mold（霉菌）、5Invertebrate（无脊椎动物gu）、9 Echinoderm（棘皮动物）、13 Ascidian（海鞘类）、14Alternative flatworm（扁形虫）

最后推荐两个tRNA的在线注释网站：

tRNAscan-SE：http://trna.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

tRNAscan-SE网页

打开网站页面后，点击下方浏览，选择需要注释tRNA的fasta格式的文件，点击Run tRNAscan-SE，等待一会，就会出来结果。

ARWEN：http://130.235.244.92/ARWEN/

ARWEN网站页面

打开网站页面后，点击浏览，选择需要注释tRNA的fasta格式的文件