跟着Cell学作图：R语言ggplot2做蜂群图的简单小例子

论文

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010

Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family

image.png

犀牛

本地论文 1-s2.0-S0092867421008916-main.pdf

数据和代码下载链接

https://github.com/liushanlin/rhinoceros-comparative-genome

今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure3A

image.png

论文里提供的代码是使用ggplot2的扩展包ggbeeswarm

首先是读入数据

ht = read.table("heterCombined.txt1")
head(ht)
unique(ht$V1)

• head()函数是查看数据集的前六行

image.png

• unique()函数是查看一组数据中有多少中元素，可以用来去重复
  比如一个向量c(1,1,2,2,2,3,3,3,3)

unique(c(1,1,2,2,2,3,3,3))

image.png

加载需要用到的R包

library(ggplot2)
library(scales)
#install.packages("ggbeeswarm")
library(ggbeeswarm)

这里用到的是scales包里的percent()函数，可以把小数转换为百分数
比如

scales::percent(0.05)

image.png

最基本的蜂群图

plot = ggplot(data = ht, 
              aes(x=V1, y=round(V4,4), 
                  fill = V6, shape=V5))+ 
  geom_beeswarm(cex=1.5,
                size=2.5,
                priority = "density") + 
  scale_shape_manual(values = c(21,22))

plot

image.png

这里有一个问题是fill映射颜色，为什么图例没有颜色呢？

对Y坐标轴进行一些设置

plota = plot + 
  scale_y_continuous(limits = c(0,0.01),
                     name = "heterozygosity", 
                     expand = c(0.0001,0.0001),
                     labels = scales::percent) + 
  labs(fill="",shape="")

plota

image.png

对X坐标轴进行一些设置和手动更改填充颜色

plotb = plota + 
  scale_fill_manual(values = c("#E69F00", "#999999"))+ 
  scale_x_discrete(name = "", 
                   limits=c("animals", "mammals",
                            "ruminants","rhinoceros"))

plotb

image.png

最后是对主题进行一些设置

plotc = plotb + theme(panel.background = element_blank(),
                    panel.grid = element_blank(),
                    axis.line.x = element_line(),
                    axis.line.y = element_line(),
                    legend.position = "top",
                    axis.text = element_text(size = 12))
plotc

image.png

论文里提供的代码到这里就结束了，但是这个图和论文中实际用到的图还是有很多不一样的地方的，可能是出图后用其他软件编辑的吧

这里有一个疑问是为啥用fill参数映射颜色图例却没有显示颜色呢？

大家有知道的吗？欢迎留言指出！

示例数据和代码可以直接到论文中提供的下载链接去下载，或者直接在公众号后台留言20210927获取（注意是精确匹配开头结尾都不能有空格）

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