今天，在win10上安装了Ubuntu系统，

1. 如何安装WSL

image.png
image.png
image.png
image.png
image.png
image.png

在Microsoft Store 搜索 WSL，选择Ubuntu 20.04 LTS 进行安装

安装之后在开始菜单栏点击Ubuntu的图标进行运行

2. 系统配置：

2.1 设置密码

自己设置，记住就好。

2.2 软件安装

不得不说linux的软件安装是最大的坑，之前大多数新手都死在软件安装这里，毕竟太难了，安装一个软件需要先安装十个八个其他软件，让人崩溃。
现在就简单多了，CentOS 用yum，Ubuntu 用apt进行软件安装与管理，自动安装必要的依赖软件。此外还有Conda、Docker 等软件也可以更加方便的进行软件管理，这个在之后再提。
如果你看过一些比较旧的教程会看到使用apt-get 进行软件安装与升级，你可以直接将apt-get的命令替换为apt的命令。简单来说apt是apt-get的升级版，apt集合了 apt-get、apt-cache 和apt-config 中最常用命令选项的集合，对于新手来说更加友好了。

为了提高apt的访问速度，将apt的软件源更换为国内镜像
打开上面的链接会看到如下介绍：

Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list。将系统自带的该文件做个备份，将该文件替换为下面内容，即可使用 TUNA 的软件源镜像。
本镜像仅包含 32/64 位 x86 架构处理器的软件包，在 ARM(arm64, armhf)、PowerPC(ppc64el)、RISC-V(riscv64) 和 S390x 等架构的设备上（对应官方源为ports.ubuntu.com）请使用 ubuntu-ports 镜像。

选择你的ubuntu版本: 例如20.04 LTS，会出来相应的软件库的网址，只需要将他们设置为你的软件源镜像，就可以使用了。
代码如下：

cd  /etc/apt/
sudo cp sources.list apt.sources.list.bak #备份系统自带`sources.list`
vi sources.list # 打开`sources.list`文件进行编辑

按i键进入书写模式，将如下内容替换原文件的内容。然后点击Esc键推出书写模式，输入:wq退出vim编辑器。

# 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度，如有需要可自行取消注释
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse

# 预发布软件源，不建议启用
# deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
# deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse

运行sudo apt update #更新可用软件列表
之后可以直接用apt install [软件名] 安装软件，非常方便

2.3 设置.bashrc文件，进行个性化设置

每次修改 .bashrc后，使用 source ~/.bashrc（或者 . ~/.bashrc）就可以立刻加载修改后的设置，使之生效。
一般会在.bash_profile文件中显式调用.bashrc。登陆 linux 启动 bash时首先会去读取 ~/.bash_profile文件，这样 ~/.bashrc也就得到执行了，你的个性化设置也就生效了。

vi .bashrc # 打开.bashrc 文件进行修改
按i键进入书写模式，

2.3 配置vim

vim是Linux下的文本编辑器，功能非常强大，但需要自己进行配置。这个也是非常难的，对于新手来说，本来没必要了解太多，但在之前使用vim的过程中发现，vim默认配置中注释是蓝色的，在黑色背景中，注释根本看不清，这对于新手来说非常不友好，代码看不懂，注释看不见。没法玩了。
vim的配置保存在个人主目录的.vimrc文件中。新手没有配置过vim，应该是没有.vimrc的，需要新建一个。

cd ~ #跳到个人主目录
touch .vimrc   #创建.vimrc文件
vi .vimrc

按i键进入书写模式，将如下内容复制到.vimrc文件中，然后点击Esc键推出书写模式，输入:wq退出vim编辑器。

"一般设定
"""""""""""""
" 设定默认解码
  set fenc=utf-8
  set fencs=utf-8,usc-bom,euc-jp,gb18030,gbk,gb2312,cp936
" 不要使用vi的键盘模式，而是vim自己的
  set nocompatible

" history文件中需要记录的行数
  set history=500

" 在处理未保存或只读文件的时候，弹出确认
  set confirm

" 与windows共享剪贴板
  set clipboard+=unnamed
  " 可以在buffer的任何地方使用鼠标（类似office中在工作区双击鼠标定位）
  set mouse=a
  set selection=exclusive
  set selectmode=mouse,key
" 侦测文件类型
  filetype on
 
"显示风格
"""""""""""
"语法高亮显示
  syntax on
"修改注释颜色
  highlight Comment ctermfg=Cyan
"高亮显示当前
  set cursorline
"启用行号
  set number
"Tab键的宽度
  set tabstop=4
"自动缩进
  set autoindent
"使用C语言的缩进方式，根据特殊字符如“{”、“}”、“:”和语句是否结束等信息自动调整缩进；在编辑C/C++等类型文件时会自动设定；使用 nocindent 取消设置；
  set cindent
  set smartindent

"统一缩进为4
  set softtabstop=4
  set shiftwidth=4
"不要用空格代替制表符
  set noexpandtab
" 带有如下符号的单词不要被换行分割
  set iskeyword+=_,$,@,%,#,-

" 高亮字符，让其不受100列限制
  :highlight OverLength ctermbg=red ctermfg=white guibg=red guifg=white
  :match OverLength '\%101v.*' 
" 状态行颜色
  highlight StatusLine guifg=SlateBlue guibg=Yellow
  highlight StatusLineNC guifg=Gray guibg=White
" 文件设置
  """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
" 不要备份文件（根据自己需要取舍）
  set nobackup

" 不要生成swap文件，当buffer被丢弃的时候隐藏它
  setlocal noswapfile
  set bufhidden=hide

" 字符间插入的像素行数目
  set linespace=0

" 增强模式中的命令行自动完成操作
  set wildmenu

" 在状态行上显示光标所在位置的行号和列号
  set ruler
  set rulerformat=%20(%2*%<%f%=\ %m%r\ %3l\ %c\ %p%%%)

" 命令行（在状态行下）的高度，默认为1，这里是2
  set cmdheight=2

" 使回格键（backspace）正常处理indent, eol, start等
  set backspace=2

" 允许backspace和光标键跨越行边界
  set whichwrap+=<,>,h,l
" 启动的时候不显示那个援助索马里儿童的提示
  set shortmess=atI

  " 通过使用: commands命令，告诉我们文件的哪一行被改变过
  set report=0

  " 在被分割的窗口间显示空白，便于阅读
  set fillchars=vert:\ ,stl:\ ,stlnc:\

" 搜索和匹配
  """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  " 高亮显示匹配的括号
  set showmatch

  " 匹配括号高亮的时间（单位是十分之一秒）
  set matchtime=5

  " 在搜索的时候忽略大小写
  set ignorecase

  " 不要高亮被搜索的句子（phrases）
  set nohlsearch

  " 在搜索时，输入的词句的逐字符高亮（类似firefox的搜索）
  set incsearch

  " 输入:set list命令是应该显示些啥？
  set listchars=tab:\|\ ,trail:.,extends:>,precedes:<,eol:$

  " 光标移动到buffer的顶部和底部时保持3行距离
  set scrolloff=3

  " 不要闪烁
  set novisualbell

在命令行输入 source .vimrc 进行加载脚本，之后的配置就更改了。

2.5 安装R

Ubuntu 下添加CRAN镜像安装r

R语言软件并不在刚才添加的apt的软件源中，打开 /etc/apt/sources.list将 CRAN 镜像添加到软件源文件末尾并保存
将如下内容复制粘贴到文件末尾

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/ 

注意根据你的Ubuntu发行版替换bionic，根据需要的版本号替换cran40。具体帮助参考：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Xenial Xerus (16.04; LTS)
Bionic Beaver, Focal Fossa (20.04; LTS and amd64 only)
Groovy Gorilla (20.10, amd64 only).
Note, to install R 4.0 packages, a different sources.list entry is needed. See below for details.

然后运行以下代码：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
# 更新CRAN 需要，其他source 不需要
sudo apt update #更新可用软件列表
sudo apt upgrade
sudo apt install r-base-dev #安装R语言

然后发现报错：
第一个错误提示：r-base-core 安装失败
我直接安装r-base-core 还是报错，发现是libicu60和libreadline7无法安装。

image.png
用apt search 查看了一下libicu60，没有搜到libicu60，应该是库的问题。
image.png
之后搜索了一下，应该是需要bionic库
再次打开/etc/apt/sources.list ，将如下内容写入添加到软件源文件并保存

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
#安装libicu60

之后

sudo apt upgrade
sudo apt install r-base-dev #安装R语言

在命令行输入R，回车。

image.png
可以看到R已经安装成功。在命令行输入q()，回车，退出R。

2.6 使用conda进行环境管理

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。
例如，配置不同版本python 的使用环境
之前安装R语言遇到的缺少依赖包的问题，也可以用Conda轻松解决，但安装的版本是3.6 不是4.0的。

2.6.1.下载安装conda

在[清华镜像]找到conda包的下载地址[https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/]
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##下载conda

2.6.2. 安装conda

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.6.3.导入重要channel

各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。
注：由于更新过快难以同步，我们不同步pytorch-nightly, pytorch-nightly-cpu, ignite-nightly这三个包。

vi .condarc
在.condarc文件中添加如下信息，
如果经常使用python，可以将menpo 及pytorch添加到channels 下面

channels:
  - defaults
  - biocnda
  - conda-forge
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

conda list # 列出当前 conda 环境所链接的软件包

2.6.4. 创建环境

conda create -n 环境名 -c 镜像源 # 创建一个 conda 环境
conda create -n py2 # 创建一个名为py2的环境，用于使用python2
conda activate py2 #进入py2的环境
conda deactivate 退出当前conda环境

2.6.5. 安装软件

conda install python #安装python
conda search python #搜索python
conda install 软件名=版本号 #可以用=指定软件版本

2.7 安装生信软件

sudo apt install ncbi-blast+ # 安装blast+
sudo apt install ncbi-epcr