整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 一般而言，我...[作者空间]
1. 环境配置 2. 数据下载 (1)prefetch下载 首先找到要下载的数据（SRR...号）创建projec...[作者空间]
exomePeak使用感受： 由于是R语言，因此真实项目数据跑起来耗时比较久；其次，peak calling与di...[作者空间]
![[实战1] Polycomb associates genome](https://img.haomeiwen.com/is11924475/d2db6a3f2483b401.png)
写在前面：参考-# 给学徒ChIP-seq数据处理流程[https://www.jianshu.com/p/138...[作者空间]
离散热图 0.需求 今天在群里看到一个非常漂亮的热图，我以为是什么奇怪的新R包画的，转了一圈发现原来还是大名鼎鼎的...[作者空间]
系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、...[作者空间]
系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、...[作者空间]
文章来源： http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_7...[作者空间]
一、介绍 ChIP-seq，测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecip...[作者空间]
一、背景知识 文献：https://www.aging-us.com/article/103695/text[ht...[作者空间]
测序深度(Sequencing Depth) 相当于测了几遍； 指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的...[作者空间]
引用本文：邓飞龙, 贾先波, 赖松家, 等. 转录本组装与质量评价. 生物工程学报, 2015, 31(9): 1...[作者空间]
homer软件来寻找motif 下载数据库 运行homer软件 homer软件找motif整合了两个方法，包括依赖...[作者空间]
ChIP-seq数据分析实战训练（三） 六、合并bam文件 在进行peaks calling的时候，需要把bam...[作者空间]
ChIP-seq数据分析实战训练（一） 一、安装软件（conda） 二、下载数据 参考文献 Brookes, E....[作者空间]
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习...[作者空间]
网址 https://genome.ucsc.edu/ UCSC Genome Browser： UCSC基因组...[作者空间]
什么是测序深度和测序覆盖度 测序深度（depth）是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值，可以理解为基因组中...[作者空间]
Download fastq file Define mkdir QC Loop 一些可选操作 samtools ...[作者空间]
