今天介绍如下三点内容: PCA是如何计算的 如何计算每个PC所能解释的方差 特征值与PC解释方差比例的关系 1. ...[作者空间]
使用混合线性模型（linear mixed model)做GWAS可以有效校正群体结构和群体内复杂的亲缘关系。...[作者空间]
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algor...[作者空间]
安装并加载所需R包 基本数据格式：SNP名称，所在染色体，SNP位置，Pvalue值 绘制曼哈顿图 基本使用 常用...[作者空间]
1. clinvar clinvar是一个开放的数据库，每个研究机构都可以向其提交数据，对于提交的信息，会有专家团...[作者空间]
一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CM...[作者空间]
刘小泽写于18.12.5变异一般和变异相提并论：遗传是子代重复亲代特征的现象，体现生物的稳定性；变异是指基因组在传...[作者空间]
全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。所以首先我...[作者空间]
写在前面：本文为自己在学习过程中看过各类资料后整理做的笔记，纯属方便自己学习以及后期回顾，也希望有幸能帮助到和我一...[作者空间]
1. gatk best practice 2. four steps of HaplotypeCaller 2....[作者空间]
但如果没条件的话，可以尝试利用现有的数据（比如：千人基因组项目，GIAB http://jimb.stanford...[作者空间]
归纳几篇eQTL相关文章。 1.转自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/390...[作者空间]
GATK4时代的VCF文件合并可能没那么简单 通常有3个原因，我们需要进行VCF文件合并： 首先是分染色体进行Ha...[作者空间]
这一节说的是association analysis 也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果...[作者空间]
要学习这一节，首先是要学习什么是主成分，什么是聚类这个我一直有点搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cn...[作者空间]
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。 这张图片对比了数据summary和数据过滤...[作者空间]
数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依...[作者空间]
学会了基本的plink之后，就要开始学习了解输入文件的格式了。详细的格式建议看官网因为之前以及接触过几次，这里来个...[作者空间]
有很多时候，看网上的教程，不如仔细阅读工具的使用说明，我准备系统学习一下plink的用法。 按照官网的教程，下载下...[作者空间]
