WES/WGS，call变异流程学习。 第一步，QC 传统方法，FastQC 安装 FastQC的运行非常简单，直...[作者空间]
参考试论NGS数据的Duplication问题初步分析PCR duplication的情况仔细探究samtools...[作者空间]
进到align目录对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对，生成BAM文件 align目录 不用-R参数也可以...[作者空间]
如果想看小样本的请移步全外显子测序(wes)数据分析详细流程（小样本） 说明：数据分析来自Genomic and ...[作者空间]
1 外显子和外显子组 外显子是蛋白质的编码区域，是这和生物基因组的一部分。基因组中的全部外显子称为外显子组。人类基...[作者空间]
原文地址: SNP Filtering Tutorial 感觉文章写的真棒，于是就翻译了一遍 目标 学习如何使用V...[作者空间]
1. 数据下载 SRP077971 选取其中三个wes下载 下载sra数据，每个耗时～25min sra转为fas...[作者空间]
有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ GATK4 官方针对不同的变异类型，给出了好几套用于参考的pipeline。所有的pi...[作者空间]
这是我根据之前的WGS系列和GATK4实践文章进行重新梳理之后确定下来的分析流程，这是一个WGS的最佳实践，它基于...[作者空间]
00 写在前面 仅针对人类WGS或WES数据，供参考。时间管理某一点：能自动化的工作尽量自动化，不要时间用在毫无意...[作者空间]
前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq->VCF）的具体执行过程。...[作者空间]
前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要...[作者空间]
好久没有记录，主要是事情太多了。最开始的时候，自己有点懒，想做伸手党，主要是想偷懒，就去网上查询gatk中文的使用...[作者空间]
从去年开始，就一直在使用GATK（GenomeAnalysisToolkit）进行人类基因组的SNV Callin...[作者空间]
经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文...[作者空间]
Samtools和Bcftools简介 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令...[作者空间]
