好久没有记录，主要是事情太多了。
最开始的时候，自己有点懒，想做伸手党，主要是想偷懒，就去网上查询gatk中文的使用教程，但是网上基本都是3.X版本的中文使用教程，很少有4.X版本的，然后我想那就凑合着用3.8d版本的吧，反正也差不多，但是也是浪费了不少时间，今天下定决心，自己看gatk官网指南（https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/quickstart），还是学会了一点，其实不难，主要是要仔细去看，包括如果运行出错的话，gatk 软件甚至会提示你一个论坛的一个帖子，可以好好研究一下
话不多说
下载gatk
https://software.broadinstitute.org/gatk/
网站首页
点击download
下载4.0版本
确保你的电脑有一下配置
java
解压 进去
我们可以看到gatk 和两个.jar文件
其实是7个文件
测试一下能不能用 ./gatk --help
出现help
那就说明可以用
发现gatk4.0包含了picard
这样可以省一点时间
最简单和默认的一个变异检测命令
gatk HaplotypeCaller -R reference.fasta -I sample1.bam -O variants.vcf
注意这里的reference 我一开始报错了好几次
必须要用samtools 和 picard 多fasta文件制作结尾为.fai 和 . dict 的index
命令如下：
java -jar CreateSequenceDictionary.jar R= sample.fasta O= sample.dict
samtools faidx sample.fasta
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