关于snpEff：SNPeff比bcftools具有更多的注释功能。snpeff是用于变异注释的软件，其中的eff...[作者空间]
最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是...[作者空间]
SnpEff是一种变体注释和效果预测工具，它注释和预测遗传变异的影响（例如氨基酸变化）。 1. 软件安装 2. 运...[作者空间]
Bcftools说明文档 1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的...[作者空间]
一、step0.0.creat_dirlist.sh 二、step0.environment 三、step1.bw...[作者空间]
bayesTyper的官网文档推荐使用三种方法鉴定变异（GATK、Platypus和manta），然后利用baye...[作者空间]
参考链接：https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f[https://www.j...[作者空间]
首先看一下bcftools view用法 我们重点关注Subset 和output选项 我们仅使用-o -O -...[作者空间]
参考链接： https://mp.weixin.qq.com/s/awdjoXRYobrQAbXmAp3C0g g...[作者空间]
1. 文字详解 https://mp.weixin.qq.com/s/SS9YBSpgUoU9gI86u-0ATg...[作者空间]
samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,to...[作者空间]
得到vcf文件后，则需对其snp进行过滤，先对几种简单方法进行汇总 1. 第一步粗过滤 若使用GATK进行call...[作者空间]
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_7285...[作者空间]
Trimmomatic 是一个很常用的 Illumina 平台数据过滤工具。支持 SE 和 PE 测序数据。主要用...[作者空间]
在实际基因组概貌调查中，流式细胞术、染色体基数观察和基因组调查测序往往是同时进行的。在此，我们主要介绍下基因组调查...[作者空间]
参考： 从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第3节 数据质控 前言 如上图显示，整个完整的WGS 流程一般有以下...[作者空间]
一、简介 会得到一系列变异数据，这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变，至于这个改变会不会...[作者空间]
主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，能从纷繁复杂的数据中抽离出关键因素，用来区分不同的样本。这里我们不谈PCA...[作者空间]
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff...[作者空间]
