GATK4——gVCF转VCF

作者: Wei_Sun | 来源:发表于2022-02-10 00:01 被阅读0次

gVCF中记录每一个位点到情况，包括有无突变，VCF只记录突变位点情况。

输入文件：

$ gatk --java-options "-Xmx100g -XX:ParallelGCThreads=4" GenotypeGVCFs \
    -R ~/ref/Mparg_v2.0.fa \
    -V LPF1_MP.g.vcf.gz \
    -O LPF1_MP.vcf.gz

比较gVCF文件和VCF文件大小，还是差别很大的。

$ gatk CountVariants -V LPF1_MP.vcf.gz
Tool returned:
490555

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