基因类型的鉴定 基因组组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread提取对应的gene，c...[作者空间]

公众号原文点我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ...[作者空间]

2020年10月8日，榕-蜂协同进化研究成果以“Genomes of the banyan tree and po...[作者空间]

前面写了16S rDNA进化树[https://www.jianshu.com/p/1738195eb1aa]。关...[作者空间]

今儿来讲一哈利用Paml计算收到正选择的基因因为很多的基因 Ka/Ks 都要小于1 我们用P值来定义是否受到正选择...[作者空间]

今来做一哈基因家族收缩与扩张吼用到的软件是 CAFE [基因课 提供的sif环境] 实验室祖传pipeline 后...[作者空间]

先见教程：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/MCMCtree.Tutor...[作者空间]

树的构建 基因树 并联树 串联树 mcmctree建议使用氨基酸序列做[作者空间]

写在前面 三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优...[作者空间]

single-copy.list、multi-copy.list等会显示单拷贝多拷贝的orthogroup列表，然...[作者空间]

简介OrthoFinder是用于比较基因组学的快速，准确和全面的平台。 它查找直系群和直系同源物，推断所有直系群的...[作者空间]

记录一下比较基因组一部分内容。 下载相关物种的ref_fa及gff 提取其对应的cds和pep文件 对两个文件进行...[作者空间]

OrthoMCL[http://orthomcl.org/orthomcl/]是目前最常用的基因家族分析软件，是一...[作者空间]

OrthoFinder 输出文件说明 OrthoFinder 的标准输出包括：直系同源组，直系同源基因，有根基因树...[作者空间]

OrthoFinder结果文件 运行结束后，在ExampleData里多出一个文件夹，Results_Feb14,...[作者空间]

OrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比...[作者空间]

OrthoFinder能做什么？ 做进化、基因家族分析、比较基因组使用OrthoFinder: solving f...[作者空间]

基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧...[作者空间]

OrthoFinder 鉴定直系同源基因，构建物种树的神器，今天在服务器安装了一次，踩了好多个坑，终于安装上了。 ...[作者空间]

一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous...[作者空间]