写在前面
三年前，那时往“全国植物基因组会议”投个了摘要，也准备了下墙报，有点期待能得到点认可。当然和以前一样，优秀跟我没啥关系。这是结果，结果当然不会反过来影响过程。为了让 TBtools 看起来更接近基因组分析工具，我就着正在开展的项目，专门开发了一个功能，大体叫“Micro-synteny View”。大体结果如下。
这张图片最上面是水稻基因组的一个区域，可以看来正负链上的转录本，黄色的是正链的转录本，蓝色对应的是负链的转录本。基因组与基因组之间有相似的区域，用矩形连接起来。这个图稿看起来还可以，起码似乎有一定绘制难度。不过用户其实只需要按照 TBtools 的要求，准备好文件就可以。
从上图可以看出，输入文件并不是很复杂，尽管确实麻烦。这个要求用户执行制备相似区域信息。输入其他文件后，点击“Show”即可看到图片。余下输出即是前述图片。
这个功能唯一的好处是，输出了图片，而最大的问题是，只能基于已有认知输出对应图片。换句话说，输入文件的准备还是太麻烦。很多时候，我们在比较两个基因组的时候，并不想一直反复准备文件，输入文件，输出图片，然后又重新来过。我们希望有一个方便的功能，可以更加高效的完成这个工作。
于是有了下述功能。
基因组区域比较 - Genome Region Compare - 安装
作为 TBtools 的插件功能，用户只需要直接到插件商店下载即可，最好是直接到高速插件商店。
点击安装即可。
因为这个插件....我暂时并不想完全公开。拿到这个Ticket Code，微信“CJ-Chen-0410”找我，我会找时间一一给 License（授权码）。具体使用文件，直接到 QQ 使用交流群交流。拿到 License 之后黏贴进去就行了。
黏贴之后，点击“Unlock”。随后重新开一下 TBtools 即可看到“Genome Region Compare”插件。
Genome Region Compare 使用
可以看到，这个插件使用起来实在太简单，只需要准备好对应两个基因组的序列信息，以及基因结构注释信息。
示例如下，
点击 Start，第一次使用时需要一两分钟初始化时间，后续速度较快，即可看到
对应的一些操作，其实可以当作一个基因结构注释信息浏览器
类似的，我们可以直接输入基因ID，比如
对应的香蕉也可以。比如我们这个时候想看看菠萝和香蕉某个区域是否有相似。
当然，很多时候，只有物种内BLASTN的意义才大一些，物种间的，或许还是要用 TBLASTX。当然，这个时候需要稍微等等，因为上面是大概 12Mb 的区间，其实挺大的...
完全支持窗口自适应，可以稍微压扁窗口来看看
但若干，最好是稍微缩短一下区间
我们可以详细看看是不是
写在后面
Perfect！这个功能，感觉还是可以用一下，当然主要还是有需要的时候。不是精细做点比较基因组的工作，可能不一定知道他的有用之处。尽管目前来说还有不少改进空间，不过我最近可能不会做修改，太忙了。
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