基因组||基因组分析之鉴定基因类型

基因类型的鉴定

基因组组装和注释完成，得到配套的基因组和注释文件之后，可以利用gffread提取对应的gene，cds，pep。有时候下游的生信或者实验想知道关注的基因是什么类型基因，因此需要进行鉴定。

基因类型的方法

目前用到的是软件MCScanx（安装和使用https://www.jianshu.com/p/41f7842140c6）和DupGen_finder（https://github.com/qiao-xin/DupGen_finder）（其实调用的还是MCscanX）。已验证结果一致。

1.1 DupGen_finder安装，自带测试数据，数据准备参看github即可

cd ~/software  # or any directory of your choice
git clone https://github.com/qiao-xin/DupGen_finder.git
cd DupGen_finder
make  ##如果报错，注意升级gcc版本即可解决
chmod 775 DupGen_finder.pl
chmod 775 DupGen_finder-unique.pl
chmod 775 set_PATH.sh
source set_PATH.sh

软件

1.png

1.2 DupGen_finder使用

参考给的例子是需要自己比对自己的结果和自己比对外群的结果，然后将每一类结果分别提出，我的理解是将MCScanX的结果进一步细化。

perl DupGen_finder-unique.pl -i data -t Ath -c Nnu -o results

2.1 MCScanX使用

不需要外群，只要有自身共线性和gff等文件

cp DupGen_finder/data Ath_Ath  &&  PATH/MCScanX/duplicate_gene_classifier Ath_Ath>Ath_ath.gene_classifier.txt && touch ok