MeTPeak的使用

安装：

install.packages("devtools")

library("devtools")

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

install_github("compgenomics/MeTPeak")

使用：

library(MeTPeak)

gtf <- system.file('extdata','example.gtf',package='MeTPeak')

ip1 <- system.file('extdata','IP1.bam',package='MeTPeak')

ip2 <- system.file('extdata','IP2.bam',package='MeTPeak')

ip3 <- system.file('extdata','IP3.bam',package='MeTPeak')

input1 <- system.file('extdata','Input1.bam',package='MeTPeak')

input2 <- system.file('extdata','Input2.bam',package='MeTPeak')

input3 <- system.file('extdata','Input3.bam',package='MeTPeak')

IP_BAM <- c(ip1,ip2,ip3)

INPUT_BAM <- c(input1,input2,input3)

metpeak(GENE_ANNO_GTF=gtf,IP_BAM = IP_BAM,INPUT_BAM = INPUT_BAM,

        EXPERIMENT_NAME="example")