BatMeth2是一个综合的甲基化数据分析的包，相较于其他甲基化数据分析的包（DSS，Methkit等），BatMeth2独特的优势是可以对基因或者转座子等特定区域的甲基化进行分析。

一.安装（下载安装包方式）

1 github下载安装包：https://github.com/GuoliangLi-HZAU/BatMeth2

2.解压并编译：

unzip BatMeth2-master.zip

cd BatMeth2

./configure 

make

make install

make一步遇到了报错：fatal error: gsl/gsl_matrix_double.h: No such file or directory；根据这样可以了吧的教程（https://blog.csdn.net/u012248802/article/details/80655902）安装GSL库：

http://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gsl/，我选择了最新版gsl-2.7.tar.gz

tar -zxvf gsl-2.7.tar.gz

cd gsl-2.7

./configure --prefix=yourpath/gsl-2.7/   ##这一步用时较久

make

make install

安装完成后进行配置：

vi ~/.bashrc

加上以下几行：

export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:/home/appl/software/gsl-2.7/include

export CPLUS_INCLUDE_PATH=$CPLUS_INCLUDE_PATH:/home/appl/software/gsl-2.7/include

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH::/home/appl/software/gsl-2.7/lib

export LIBRARY_PATH=$LIBRARY_PATH::/home/appl/software/gsl-2.7/lib

source ~/.bashrc使生效。

然后再回到BetMath2文件夹下，make & make install，这次可以成功编译。